MetagWGS est une pipeline d'analyse bioinformatique utilisant Nextflow pour le séquençage de génomes métagénomiques entiers. Il traite les données raw .fastq/.fastq.gz et/ou des assemblies (contigs) .fa/.fasta. Les modules du workflow comprennent le nettoyage et le filtrage des séquences, l'assemblage, l'annotation structurale et fonctionnelle des gènes.

FqCleanER est un outil en ligne de commande conçu pour automatiser et simplifier le prétraitement standard des lectures de séquençage haut débit (HTS). Il permet d'appliquer huit étapes de nettoyage et d'amélioration des données génomiques, telles que la déduplication, le rognage, la fusion de lectures appariées, l'élimination des contaminants, la correction des erreurs de séquençage, la normalisation numérique et la réduction de la redondance. L'outil est particulièrement utile pour les chercheurs en génomique et en bioinformatique qui doivent préparer leurs données avant des analyses plus poussées.

Ce projet vise à améliorer l'assemblage génomique de la petite mulette, une espèce d'eau douce en déclin, en utilisant des données de séquençage PacBio et Hi-C. L'objectif est de reconstruire un génome de référence à l'échelle chromosomique pour étudier les trajectoires démographiques d'espèces modèles et en déclin, afin d'éclairer les stratégies de conservation. Les analyses incluent le nettoyage des données, l'évaluation de la qualité des assemblages et la comparaison de méthodes de scaffolding.