FqCleanER est un outil en ligne de commande conçu pour automatiser et simplifier le prétraitement standard des lectures de séquençage haut débit (HTS). Il permet d'appliquer huit étapes de nettoyage et d'amélioration des données génomiques, telles que la déduplication, le rognage, la fusion de lectures appariées, l'élimination des contaminants, la correction des erreurs de séquençage, la normalisation numérique et la réduction de la redondance. L'outil est particulièrement utile pour les chercheurs en génomique et en bioinformatique qui doivent préparer leurs données avant des analyses plus poussées.

ROCK est un outil en ligne de commande conçu pour normaliser numériquement les données de séquençage haut débit (HTS). Il permet de réduire et d'homogénéiser la couverture des lectures génomiques en filtrant les séquences redondantes ou de mauvaise qualité. Idéal pour préparer des données avant un assemblage de génome de novo, il améliore l'efficacité et la précision des analyses génomiques en éliminant les artefacts et les contaminations.