Outil dédié à l'analyse des réseaux métaboliques pour déterminer les niches métaboliques d'organismes biologiques. Il permet de calculer des volumes de niche, d'optimiser des flux métaboliques et d'extraire des données structurées à partir de modèles SBML. Utilisé principalement en bioinformatique et biologie systémique pour étudier les capacités métaboliques des cellules ou organismes.

Met4j-flux est un module de la bibliothèque met4j dédié à l'analyse de flux métaboliques et à la simulation de réseaux biochimiques. Il permet d'optimiser les voies métaboliques et de calculer les flux de différentes espèces chimiques dans un réseau biochimique donné.

MOMO est un logiciel dédié à l'optimisation de flux métaboliques dans des réseaux biologiques. Il permet d'analyser la robustesse de souches microbiennes et de prédire la production de composés d'intérêt dans des organismes vivants.

CNW-Grass est un modèle fonctionnel de structure végétale (FSPM) dédié à l'étude des graminées. Il simule la croissance des plantes en intégrant la morphogenèse, le métabolisme du carbone et de l'azote, ainsi que les flux d'eau. Le modèle prend en compte des paramètres pédoclimatiques (température, lumière, humidité, CO2, etc.) pour prédire le développement des organes végétaux, la photosynthèse, la transpiration et la sénescence. Il est utilisé en recherche agronomique pour optimiser les pratiques culturales et comprendre les interactions entre croissance végétale et environnement.

Totoro est un outil d'analyse de réseaux métaboliques permettant l'optimisation de flux de réactions biochimiques et la simulation de variations de concentrations métaboliques. Il dépend de librairies externes telles que libxml++, CPLEX/Concert et Boost.Program_options.