Ce projet vise à développer une preuve de concept pour l'analyse et la détection d'unités de transcription (unitigs) dans des séquences génomiques. Il permet d'identifier des motifs récurrents et d'optimiser les pipelines de traitement des données génomiques pour des applications en recherche biomédicale ou en génomique fonctionnelle.

BPM est un logiciel spécialisé dans la recherche exacte de motifs génétiques dans l'ADN. Il permet d'indexer des milliers de motifs génétiques pour les retrouver rapidement dans des génomes complets. L'outil est optimisé pour traiter des génomes bactériens en moins d'une seconde, même avec des centaines de milliers de motifs à rechercher. Il est particulièrement utile pour l'analyse génomique, la détection d'allèles ou la comparaison de séquences.

Le projet optimisation vise à améliorer l'efficacité et la productivité des processus métiers grâce à l'automatisation et au suivi en temps réel. Il permet de simplifier les tâches répétitives, de détecter rapidement les goulets d'étranglement et de prendre des mesures correctives.

Ce projet vise à identifier des sous-réseaux métaboliques pertinents dans des réseaux biologiques complexes. Il combine des approches de programmation logique pour modéliser les interactions biologiques et de programmation linéaire pour optimiser la détection de motifs métaboliques. L'objectif est d'aider les chercheurs en biologie systémique à comprendre et analyser les voies métaboliques de manière automatisée et reproductible.

RedOak est un logiciel libre et open source conçu pour indexer et analyser de grandes collections de génomes similaires. Il permet une approche sans alignement ni référence, facilitant l'étude des séquences génomiques, la détection de motifs communs ou spécifiques, et l'optimisation des ressources de stockage. Utilisable en bioinformatique, il s'adresse aux chercheurs et institutions travaillant sur des données génomiques.

Ce projet fournit des ressources pédagogiques pour les étudiants de l'ENSEEIHT en Sciences du Numérique. Il couvre deux matières principales : l'optimisation sans contraintes et les méthodes des différences finies pour les équations aux dérivées partielles (EDP). Les étudiants y trouvent des polycopiés, des travaux dirigés, des sujets de TP et des fichiers sources pour approfondir leurs connaissances.

Le projet Optimisation vise à améliorer l'efficacité et la productivité des processus métiers grâce à l'automatisation et la gestion de workflows. Il permet de simplifier et d'accélérer les tâches répétitives, offrant ainsi un gain de temps et une meilleure qualité de travail.