Ce projet vise à adapter un modèle de conformation 3D des séquences d'ADN pour représenter des plasmides circulaires, comme ceux présents dans les bactéries. En utilisant un algorithme génétique développé en Python, il permet de simuler et d'optimiser la trajectoire tri-dimensionnelle de longues séquences génétiques. L'objectif est de mieux comprendre les interactions moléculaires et d'améliorer la modélisation des structures génétiques complexes, notamment pour des applications en biologie synthétique ou en génomique.

Projet de modélisation moléculaire visant à reconstruire et analyser la structure 3D du récepteur nicotinique a4a5b2 dans différentes conformations (ouvert, fermé, désensibilisé). Basé sur des données expérimentales publiées, ce travail permet de comprendre les mécanismes structuraux des récepteurs nicotiniques, essentiels pour la recherche sur les maladies neurodégénératives et les addictions. Les modèles générés sont validés et optimisés pour des analyses computationnelles ultérieures.

MolPred est un framework basé sur Hydronaut pour la construction de prédicteurs de caractéristiques moléculaires à l'aide de Chemfeat. Il offre les avantages de l'un et de l'autre, ainsi que plusieurs autres avantages : tous les hyperparamètres sont gérés via des fichiers de configuration YAML, y compris la sélection de modèles, ensembles de fonctionnalités moléculaires et métriques, avec un support complet pour les surcharges en ligne de commande. Les hyperparamètres peuvent être explorés à l'aide de balayages systématiques ou d'algorithmes d'optimisation. L'optimisation peut être suivie en temps réel avec Optuna Dashboard lors de l'utilisation du plugin Hydra's Optuna sweeper. Tous les paramètres, métriques, modèles et autres artefacts sont suivis avec MLflow. Les tests et les prédictions peuvent être effectués en récupérant des modèles et des configurations d'ensembles de fonctionnalités à partir de runs MLflow précédents. Les modèles peuvent être facilement ajoutés en enregistrant des sous-classes d'une classe fournie. Les classes enregistrées peuvent être sélectionnées par nom à partir du fichier de configuration. De nouvelles calculateurs d'ensembles de fonctionnalités chimiques/moléculaires peuvent être ajoutés et enregistrés via des sous-classes simples. Les calculs de fonctionnalités sont mis en cache dans une base de données locale pour éviter les calculs redondants.

CoMD est une application de référence implémentant des algorithmes et charges de travail typiques de dynamique moléculaire classique. Développée par le centre ExMatEx, elle sert de support pour évaluer les performances de nouvelles architectures, modèles de programmation ou optimisations logicielles dans le domaine des matériaux soumis à des conditions extrêmes.

FlowVR est une bibliothèque middleware permettant de faciliter le développement et l'exécution d'applications haute performance interactives nécessitant l'exploitation de la puissance de nœuds informatiques distribués en grappe ou en grid. FlowVR a été utilisé pour des applications de réalité virtuelle, de téléprésence, de modélisation 3D en temps réel, de visualisation in situ, de pilotage de simulations moléculaires parallèles, etc. FlowVR réutilise et étend le paradigme de flux de données couramment utilisé dans les environnements de visualisation scientifique. Une application est vue comme un ensemble éventuellement distribué de modules échangeant des données. Différentes assemblées de modules peuvent être spécifiées sans modification ou recompilation des modules. Le développeur d'applications n'a pas à se soucier des problématiques de réseau. C'est le rôle de FlowVR de gérer et d'optimiser les échanges de données entre modules. FlowVR supporte les modules parallèles, permettant d'exploiter des codes MPI existants par exemple. Cette fonctionnalité est couramment utilisée pour la visualisation in situ ou le pilotage de simulations parallèles.