Outil dédié à la représentation graphique de réseaux métaboliques, notamment les voies métaboliques. Il permet d'organiser et de dessiner des graphes bipartites composés de métabolites et de réactions, en tenant compte des réactions réversibles et des composés secondaires comme l'ATP ou l'eau. Le projet génère des positions optimisées pour les nœuds afin de faciliter la visualisation et l'analyse des interactions biochimiques.

Outil dédié à l'analyse des réseaux métaboliques pour déterminer les niches métaboliques d'organismes biologiques. Il permet de calculer des volumes de niche, d'optimiser des flux métaboliques et d'extraire des données structurées à partir de modèles SBML. Utilisé principalement en bioinformatique et biologie systémique pour étudier les capacités métaboliques des cellules ou organismes.

Ce projet vise à identifier des sous-réseaux métaboliques pertinents dans des réseaux biologiques complexes. Il combine des approches de programmation logique pour modéliser les interactions biologiques et de programmation linéaire pour optimiser la détection de motifs métaboliques. L'objectif est d'aider les chercheurs en biologie systémique à comprendre et analyser les voies métaboliques de manière automatisée et reproductible.

MEDUSA est une classe SAGE dédiée au calcul de la capacitance des réseaux métaboliques. Elle permet d'analyser et d'optimiser des modèles métaboliques en utilisant différents solveurs comme CPLEX, GUROBI ou GLPK. L'outil facilite l'intégration dans des environnements de calcul scientifique pour des applications en biologie systémique et en bioinformatique.

MOMO est un logiciel dédié à l'optimisation de flux métaboliques dans des réseaux biologiques. Il permet d'analyser la robustesse de souches microbiennes et de prédire la production de composés d'intérêt dans des organismes vivants.

Met4j-flux est un module de la bibliothèque met4j dédié à l'analyse de flux métaboliques et à la simulation de réseaux biochimiques. Il permet d'optimiser les voies métaboliques et de calculer les flux de différentes espèces chimiques dans un réseau biochimique donné.

Totoro est un outil d'analyse de réseaux métaboliques permettant l'optimisation de flux de réactions biochimiques et la simulation de variations de concentrations métaboliques. Il dépend de librairies externes telles que libxml++, CPLEX/Concert et Boost.Program_options.

TANGO est un outil de modélisation numérique conçu pour analyser et simuler les fermentations bactériennes dans la production fromagère. Il permet de réconcilier des données multi-omiques avec des réseaux métaboliques de trois espèces bactériennes clés : *P. freudenreichii*, *L. lactis* et *L. plantarum*. Le projet facilite l'optimisation des paramètres de fermentation et la compréhension des mécanismes d'interaction entre les bactéries, contribuant ainsi à améliorer les processus de fabrication des fromages.