Outil dédié à l'analyse des réseaux métaboliques pour déterminer les niches métaboliques d'organismes biologiques. Il permet de calculer des volumes de niche, d'optimiser des flux métaboliques et d'extraire des données structurées à partir de modèles SBML. Utilisé principalement en bioinformatique et biologie systémique pour étudier les capacités métaboliques des cellules ou organismes.

Orthofinder2JSON-Graph est un outil spécialisé dans la conversion des résultats d'Orthofinder au format JSON, optimisé pour une visualisation sous forme de graphes. Il transforme les données d'orthologie en structures accessibles, facilitant ainsi l'interprétation des relations entre protéines et espèces. Ce projet s'adresse principalement aux chercheurs en bioinformatique et en biologie évolutive souhaitant analyser et visualiser des ensembles de gènes orthologues.

PanGeTools est une boîte à outils conteneurisée dédiée à l'analyse et au traitement des pangenomes. Il regroupe plusieurs logiciels spécialisés pour manipuler, visualiser et comparer des données génomiques complexes. Utilisé principalement par les chercheurs en bioinformatique, il facilite l'exploration des variations génétiques et l'optimisation des structures génomiques à grande échelle.