CRISPRbact est une bibliothèque Python et un outil en ligne de commande dédié à la conception et l'analyse d'expériences CRISPRi (interférence) dans les bactéries. Il permet de prédire l'efficacité des ARN guides pour bloquer l'expression génique, de concevoir des bibliothèques optimisées couvrant des génomes bactériens entiers, et d'évaluer la couverture de bibliothèques existantes. L'outil s'appuie sur des modèles entraînés sur des données expérimentales massives pour maximiser la précision des prédictions.

Ce projet permet d'étudier les effets toxiques spécifiques de la protéine dCas9 lorsqu'elle est guidée par des séquences d'ARN guide dans la bactérie Escherichia coli. Les chercheurs ont conçu une bibliothèque de guides ARN ciblant aléatoirement le génome bactérien et analysé leur impact sur la croissance cellulaire après induction. Les résultats révèlent des séquences toxiques inattendues, ouvrant des pistes pour comprendre les mécanismes de toxicité et optimiser les outils CRISPR.

Ce projet développe un modèle prédictif pour évaluer l'efficacité de l'outil dCas9 dans la régulation de l'expression génique chez la bactérie E. coli. Il permet de concevoir des bibliothèques de guides ARN optimisés pour des criblages CRISPRi, améliorant ainsi la précision et l'efficacité des expériences génomiques. Les résultats sont validés par des analyses comparatives avec des données publiées, offrant une approche plus économique et accessible pour la recherche en biologie synthétique.