Le Bioimaging Desktop est une plateforme dédiée à l'analyse et à la visualisation d'images biologiques et microscopiques. Elle fournit aux chercheurs et scientifiques des outils spécialisés pour manipuler, analyser et interpréter des données d'imagerie issues de divers domaines comme la biologie cellulaire, la pathologie numérique ou la bioinformatique. Intégrée à l'écosystème Biosphère, elle facilite la gestion et le partage de données d'imagerie complexes.

Outil dédié à la gestion et à l'organisation de collections biologiques et de données taxonomiques. Il permet aux chercheurs et institutions de structurer, valider et partager des informations scientifiques tout en facilitant la collaboration et la traçabilité des données.

Ateliers Codons est une plateforme dédiée à la visualisation et l'analyse de données biologiques. Elle permet aux utilisateurs de proposer des jeux de données pour des défis de visualisation, de partager les résultats de leurs analyses et de collaborer sur des projets de recherche.

Projet dédié à l'analyse et à la visualisation de données de cellules uniques, principalement utilisé en biologie cellulaire et génomique. Il permet aux chercheurs de traiter, interpréter et partager des données complexes issues de séquençage à haut débit. L'outil facilite la compréhension des mécanismes cellulaires et contribue à des avancées scientifiques dans le domaine de la biologie.

MorphoNet est une plateforme web dédiée à la visualisation et à l'interaction avec des jeux de données morphodynamiques complexes. Elle permet aux chercheurs et aux enseignants d'explorer, d'analyser et de partager des données issues de la recherche en biologie, notamment dans des domaines comme la morphologie ou la dynamique des tissus. L'outil facilite la compréhension des phénomènes biologiques grâce à une interface intuitive et des fonctionnalités interactives.

Projet dédié à la gestion, au stockage et à l'analyse de données biologiques et scientifiques via des outils comme OMERO et iRods. Il permet aux laboratoires et équipes de recherche de déployer des infrastructures sécurisées pour héberger, organiser et partager leurs données tout en garantissant leur intégrité et leur accessibilité. Le projet inclut également des mécanismes d'authentification avancés et des solutions de sauvegarde automatisée.

OMERO est une plateforme open source dédiée à la gestion, au partage et à l'analyse d'images scientifiques et biologiques. Elle permet aux chercheurs de stocker, organiser et visualiser des données d'imagerie complexe, facilitant ainsi la collaboration et l'interprétation des résultats dans des domaines comme la biologie cellulaire ou la médecine.

Ce projet, développé par l'Institut Pasteur, vise à analyser des images d'aubergines pour en extraire des données biologiques. Il inclut des scripts de modélisation, des données de référence et des segmentations manuellement corrigées. Les résultats sont partagés sous forme de fichiers téléchargeables pour faciliter la recherche scientifique.

LEGEND est un outil bioinformatique conçu pour analyser des données transcriptomiques. Il permet d'encoder les données d'expression génique en niveaux d'expression (non régulé, surexprimé, sous-exprimé), de construire des graphes de co-expression entre gènes, et d'appliquer une méthode de décomposition par entropie minimale (MED) pour regrouper les gènes partageant des profils d'expression similaires. Les résultats sont visualisables sous forme d'arbres MED et de graphes, facilitant l'identification de gènes d'intérêt biologique.

Projet dédié à l'analyse de données ATAC-seq, une technique permettant d'étudier l'accessibilité de la chromatine. Il fournit des outils pour traiter et interpréter les séquences génomiques, facilitant ainsi la recherche en biologie moléculaire et en génomique fonctionnelle. Destiné aux chercheurs et laboratoires, il encourage la collaboration et le partage des résultats.