Ce projet fournit un workflow automatisé pour préparer des génomes avant l'analyse de données de séquençage haut débit. Il standardise les données génomiques en générant des fichiers de configuration adaptés aux pipelines d'analyse bioinformatique. Le workflow permet d'intégrer des références génomiques spécifiques et de produire des structures de données compatibles avec les outils d'analyse en aval. Il est conçu pour être utilisé dans des environnements de recherche biomédicale, notamment dans des laboratoires spécialisés en génomique.

Ce projet propose un workflow automatisé pour l'assemblage de génomes à partir de données de séquençage PacBio HiFi. Il permet de générer des assemblages haplotypiques complets, d'évaluer leur qualité et de produire des rapports détaillés. Les outils intégrés couvrent la préparation des données, l'assemblage, le contrôle qualité et la visualisation des résultats, adaptés aux besoins de la recherche génomique et de la bioinformatique.

FqCleanER est un outil en ligne de commande conçu pour automatiser et simplifier le prétraitement standard des lectures de séquençage haut débit (HTS). Il permet d'appliquer huit étapes de nettoyage et d'amélioration des données génomiques, telles que la déduplication, le rognage, la fusion de lectures appariées, l'élimination des contaminants, la correction des erreurs de séquençage, la normalisation numérique et la réduction de la redondance. L'outil est particulièrement utile pour les chercheurs en génomique et en bioinformatique qui doivent préparer leurs données avant des analyses plus poussées.

ROCK est un outil en ligne de commande conçu pour normaliser numériquement les données de séquençage haut débit (HTS). Il permet de réduire et d'homogénéiser la couverture des lectures génomiques en filtrant les séquences redondantes ou de mauvaise qualité. Idéal pour préparer des données avant un assemblage de génome de novo, il améliore l'efficacité et la précision des analyses génomiques en éliminant les artefacts et les contaminations.

Ce projet fournit des outils pour manipuler, nettoyer et convertir des données d'alignement de séquences biologiques. Il permet aux chercheurs en génomique de préparer et d'analyser des données issues de séquençage, facilitant ainsi l'étude des génomes et l'identification de variations génétiques. Les fonctionnalités incluent la correction d'alignements, la vérification de la validité des données et la génération de formats compatibles avec des logiciels d'analyse standard.

AlienTrimmer est un outil en ligne de commande conçu pour filtrer rapidement les bases non fiables et les séquences d'oligonucléotides étrangers (comme les adaptateurs, amorces ou barcodes) dans les données de séquençage. Il améliore la qualité des lectures en supprimant les régions problématiques en 5' et 3', tout en optimisant les performances pour les données Illumina et nanopore. L'outil est largement utilisé en bioinformatique pour préparer les données avant l'analyse génomique.