Cet algorithme public permet d'identifier les patients à risque vasculaire (diabète, hypertension) pour calculer des indicateurs de dépistage biologique de l'insuffisance rénale chronique (IRC). Il analyse les données du SNDS (DCIR) pour produire des statistiques sur les examens biologiques (créatinine, albuminurie) et les décliner par département, région, classe d'âge et sexe. Les résultats visent à améliorer la prise en charge des patients selon leur stade de MRC, en orientant vers des parcours de soins adaptés (primaires ou spécialisés).

Extension pour le logiciel d'analyse d'images biologiques Icy, développée par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur. Cet outil permet de générer une vidéo montrant une rotation à 360 degrés d'un volume 3D visualisé dans un visualiseur VTK. Il facilite la documentation visuelle et l'analyse dynamique de données biologiques ou médicales, notamment pour des publications scientifiques ou des présentations.

CartoBio est une plateforme publique dédiée à la cartographie des parcelles cultivées en agriculture biologique en France. Elle permet aux utilisateurs de visualiser, analyser et exporter des données géographiques fiables sur l'agriculture biologique, afin d'évaluer la qualité de vie, l'évolution des pratiques et la répartition des surfaces certifiées. Soutenue par les ministères de l'Écologie et de l'Agriculture, elle facilite l'accès aux données ouvertes pour les agriculteurs, les organismes de certification et le grand public.

CAYSS est un outil dédié à l'analyse de données de cytométrie pour étudier la ségrégation des spores chez les levures. Il permet aux chercheurs en biologie cellulaire et génétique de traiter, visualiser et interpréter des données complexes issues d'expériences de cytométrie en flux. Le logiciel facilite l'identification de motifs biologiques et la génération de rapports pour des publications scientifiques.

Ce dépôt centralise des extraits de code en R et Python dédiés à la visualisation graphique de données, principalement dans un contexte scientifique. Il propose des scripts pour générer des heatmaps, des barplots tridimensionnels, des scatter plots colorés, ou encore des courbes de couverture de séquençage ARN. Certains outils, comme Polysome Rider, sont conçus pour des analyses de données biologiques avancées, facilitant la production de graphiques propres et exploitables pour des publications ou des présentations.

Ce projet centralise des outils open source dédiés à l'analyse d'images biologiques et microscopiques. Il propose des plugins et logiciels spécialisés pour faciliter le traitement, la visualisation et l'interprétation de données issues de microscopes. Développé par des instituts de recherche publics, il vise à standardiser et démocratiser l'accès à des méthodes avancées d'imagerie cellulaire et moléculaire.

MetExplore Database est une base de données relationnelle dédiée à l'exploration des réseaux métaboliques. Elle stocke des modèles biologiques, des références de bases de données et des contextes publics pour les métabolites et réactions. Utilisée principalement par des chercheurs et développeurs en bioinformatique, elle permet de tester et valider des outils d'analyse métabolomique dans un environnement contrôlé.

Ce projet permet de construire et distribuer des paquets conda dédiés à IntronSeeker, une suite logicielle orientée vers l'analyse de données biologiques. Il facilite l'installation et la gestion des dépendances pour les utilisateurs de cette plateforme, en automatisant le processus de build et de publication des paquets.

Plateforme publique dédiée à la découverte et à l'exploration de données scientifiques liées aux ressources génétiques végétales, aux collections de plantes et aux informations botaniques. Elle permet aux chercheurs, agronomes et professionnels du secteur agricole d'accéder à des bases de données fédérées, d'effectuer des recherches avancées et de visualiser des informations géolocalisées sur les ressources biologiques.

Outil open source permettant de visualiser et manipuler des réseaux biologiques sous forme de composants web réutilisables. Destiné aux chercheurs et scientifiques, il facilite la représentation graphique de données biologiques complexes (réseaux trophiques, métaboliques, etc.) en respectant les conventions des communautés scientifiques. Permet une intégration facile dans des sites web existants pour des publications ou présentations.