Établissement public d'enseignement spécialisé dans les sciences biologiques et chimiques, proposant des formations du Bac -3 au Bac +2. Labellisé « lycée des métiers de la biologie et de la chimie », il forme des élèves et étudiants aux métiers de la santé, de l'agroalimentaire, de la pharmacie et des analyses. Équipé de 19 laboratoires modernes, il accompagne ses élèves vers une insertion professionnelle réussie tout en promouvant l'innovation et l'excellence scientifique.

Outil dédié à l'analyse d'images confocal de plantes pour déterminer les limites en z des images 3D. Il permet de segmenter les structures biologiques, calculer les volumes cellulaires et générer des illustrations pour des publications scientifiques. Les scripts automatisent les étapes clés et produisent des résultats exploitables pour la recherche en biologie végétale.

CAYSS est un outil dédié à l'analyse de données de cytométrie pour étudier la ségrégation des spores chez les levures. Il permet aux chercheurs en biologie cellulaire et génétique de traiter, visualiser et interpréter des données complexes issues d'expériences de cytométrie en flux. Le logiciel facilite l'identification de motifs biologiques et la génération de rapports pour des publications scientifiques.

Outil dédié à la transformation de données génomiques en arbres phylogénétiques. Il permet aux chercheurs et biologistes de visualiser les relations évolutives entre différentes espèces ou séquences génétiques. En analysant les similarités et différences génétiques, il génère des représentations graphiques claires et exploitables pour des études comparatives ou des publications scientifiques.

EasyFig 3 est un outil dédié à la visualisation graphique de régions génétiques annotées et à la comparaison de régions homologues. Il permet aux chercheurs et biologistes de générer des figures claires et personnalisables à partir de données génomiques (séquences FASTA ou GenBank). L'application facilite l'analyse visuelle des annotations, des similarités entre séquences et des caractéristiques génétiques, tout en offrant des options de personnalisation avancées pour répondre aux besoins spécifiques des publications scientifiques ou des présentations.

Outil open source permettant de visualiser et manipuler des réseaux biologiques sous forme de composants web réutilisables. Destiné aux chercheurs et scientifiques, il facilite la représentation graphique de données biologiques complexes (réseaux trophiques, métaboliques, etc.) en respectant les conventions des communautés scientifiques. Permet une intégration facile dans des sites web existants pour des publications ou présentations.

Site dédié à la publication et à la diffusion de recherches scientifiques dans le domaine de la biologie et de la médecine. Il propose des articles spécialisés sur des mécanismes moléculaires, des récepteurs, des enzymes et des études expérimentales, principalement axés sur des sujets comme le cancer du sein, les thérapies géniques et les analyses génétiques. Le contenu est rédigé par des chercheurs et vise à partager des avancées scientifiques avec la communauté médicale et scientifique.

Ce dépôt centralise des extraits de code en R et Python dédiés à la visualisation graphique de données, principalement dans un contexte scientifique. Il propose des scripts pour générer des heatmaps, des barplots tridimensionnels, des scatter plots colorés, ou encore des courbes de couverture de séquençage ARN. Certains outils, comme Polysome Rider, sont conçus pour des analyses de données biologiques avancées, facilitant la production de graphiques propres et exploitables pour des publications ou des présentations.

Extension pour le logiciel d'analyse d'images biologiques Icy, développée par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur. Cet outil permet de générer une vidéo montrant une rotation à 360 degrés d'un volume 3D visualisé dans un visualiseur VTK. Il facilite la documentation visuelle et l'analyse dynamique de données biologiques ou médicales, notamment pour des publications scientifiques ou des présentations.

Ce projet accompagne une publication scientifique visant à développer un cadre de travail pour résoudre des problèmes inverses en biologie. Il utilise des données de capteurs de phéromones pour détecter la présence d'insectes ravageurs dans les cultures. Le code permet de simuler la propagation des phéromones, d'optimiser la localisation des sources d'émission et de générer des cartes de présence d'insectes. Les résultats sont présentés sous forme de figures et de données exploitables pour la recherche agronomique.