DExTER est un outil bioinformatique conçu pour analyser des séquences génomiques et des données d'expression génique. Il permet d'identifier des régions génomiques pertinentes (k-mers) associées à des conditions biologiques spécifiques. Le logiciel génère des modèles prédictifs pour comprendre les liens entre les séquences et l'expression des gènes, facilitant ainsi la recherche en biologie moléculaire et en génomique fonctionnelle.

Ce pipeline automatisé permet d'analyser des données de séquençage RNAseq pour identifier les gènes exprimés de manière différentielle entre des échantillons biologiques. Il traite des données brutes issues de séquenceurs Illumina HiSeq, nettoie les séquences, aligne les lectures sur un génome de référence, compte les caractéristiques génomiques et détecte les gènes dont l'expression varie significativement. Utilisé principalement en recherche biomédicale et en génomique fonctionnelle.

GAZODUC est un pipeline bioinformatique développé pour l'analyse de données génomiques, notamment utilisé à l'Institut du Thorax à Nantes. Il permet de traiter des séquences génomiques en utilisant des outils comme Nextflow pour automatiser des workflows complexes. Le projet facilite la gestion de données issues de séquençage haut débit et génère des résultats exploitables pour la recherche médicale et génétique.

Serratus-Palmfold est un projet open source dédié à l'analyse comparative de séquences génomiques à grande échelle. Il permet aux chercheurs en biologie et bioinformatique d'identifier des similarités entre génomes, de détecter des motifs fonctionnels et d'accélérer la découverte de gènes ou de régions d'intérêt. L'outil s'appuie sur des algorithmes avancés pour traiter des volumes massifs de données génomiques, facilitant ainsi la recherche fondamentale et appliquée en génomique.

Outil bioinformatique conçu pour aligner des séquences génomiques ou nucléotidiques entre elles. Il permet de comparer des génomes, d'identifier des variations génétiques ou de reconstruire des transcrits. Utilisé en recherche génomique, il facilite l'analyse des données issues de séquençage haut débit, notamment pour des applications en génétique humaine, en écologie ou en biologie évolutive.

Pipeline d'analyse dédié au séquençage d'exomes, permettant de traiter des données de lecture génomique pour identifier et annoter des variants. Il automatise les étapes clés comme l'alignement des séquences, la détection de mutations et l'annotation fonctionnelle, facilitant ainsi l'interprétation des données génomiques pour des applications en recherche médicale ou en génétique clinique.

Outil bioinformatique permettant d'identifier des séquences d'ADN spécifiques au sein de grands génomes en utilisant des transformations de Fourier. Il accélère la recherche de motifs génomiques en générant des fichiers de sortie compatibles avec des outils d'analyse génomique comme UCSC Genome Browser. Idéal pour les chercheurs en biologie moléculaire ou en génomique.

Ce projet a pour but d'analyser des séquences d'ADN afin de détecter les répétitions et les motifs qui s'y trouvent. Il permet de comparer des génomes entre eux et de fournir des informations utiles pour la recherche en génomique.

Outil d'analyse bioinformatique permettant d'aligner des séquences biologiques (ADN, ARN, protéines) pour identifier leurs similarités. Il génère des graphiques et des fichiers de sortie pour visualiser les relations entre séquences, facilitant ainsi la comparaison de génomes ou de protéines. Idéal pour la recherche en biologie moléculaire ou en génomique.

Ce projet vise à développer une preuve de concept pour l'analyse et la détection d'unités de transcription (unitigs) dans des séquences génomiques. Il permet d'identifier des motifs récurrents et d'optimiser les pipelines de traitement des données génomiques pour des applications en recherche biomédicale ou en génomique fonctionnelle.