Application dédiée à la visualisation et à l'analyse de cartes de densité électronique issues de fichiers PDB et MTZ. Elle permet aux chercheurs et scientifiques d'explorer des données structurales biologiques, notamment dans le cadre de la recherche en biologie moléculaire et en cristallographie. Intégrée au Data Portal, elle facilite l'interprétation des structures moléculaires pour des études avancées.

Met4J est une bibliothèque open source en Java dédiée à l'analyse structurale des réseaux métaboliques. Elle permet de manipuler, convertir et analyser des fichiers SBML, KEGG et TSV, tout en offrant des outils pour l'édition de réseaux métaboliques, le calcul de masses moléculaires et l'intégration de données omiques. Développée par la plateforme MetExplore, elle est utilisée en recherche biologique et métabolomique.

Outil dédié à l'analyse comparative de graphes génomiques issus de différentes méthodes (MiniGraph-Cactus, PGGB). Il permet d'évaluer la conservation des régions génomiques, d'identifier des variations structurales et de générer des métriques pour des études en génomique comparative. Les résultats sont utilisés pour des recherches en biologie évolutive et en génétique des populations.

Ce projet permet d'analyser et de visualiser les sites d'hydratation internes des protéines à partir de simulations de dynamique moléculaire. Il génère des cartes de densité des molécules d'eau observées dans une protéine, offrant une compréhension approfondie de son comportement hydrique. Les résultats sont utiles pour la recherche en biologie structurale et en biochimie, notamment pour étudier les interactions protéine-solvant ou identifier des sites fonctionnels critiques.

Ce projet fournit des données et des outils pour l'analyse des prédictions de structures protéiques dans le cadre du défi CAPRI Round 55. Il inclut des jeux de données détaillés sur les prédictions générées par MassiveFold, des évaluations CAPRI-Q, et des analyses comparatives avant/après relaxation des modèles. Les résultats sont destinés à la recherche en biologie structurale et en immunologie.

AlphaFold est un outil de pointe développé par DeepMind pour prédire avec une précision élevée la structure tridimensionnelle des protéines à partir de leur séquence d'acides aminés. Il utilise des techniques avancées d'intelligence artificielle et de modélisation moléculaire pour accélérer la recherche en biologie structurale, facilitant ainsi la compréhension des fonctions protéiques et le développement de nouveaux médicaments.

Projet de recherche en biologie évolutive dédié à l'analyse des protéines SIR2 et SIRim. Il permet d'étudier leur histoire évolutive, leur phylogénie, leur détection dans les génomes, et leur implication dans les systèmes de défense. Des modèles structuraux (AlphaFold2) sont également générés pour certaines protéines eucaryotes. Les résultats sont présentés sous forme de figures et d'alignements pour des publications scientifiques.