Ce projet automatise la récupération, la transformation et l'intégration de données biochimiques issues de bases de données spécialisées (comme KEGG ou BRENDA). Il permet de convertir des fichiers de données métaboliques, enzymatiques ou réactionnelles entre différents formats (ODS, TXT, SBML) et d'enrichir des modèles de voies métaboliques avec des informations thermodynamiques et cinétiques. Les outils développés facilitent l'analyse des réactions biochimiques et l'étude des enzymes pour la recherche en biologie systémique.

Outil bioinformatique dédié à l'analyse comparative d'enrichissement de gènes (GSEA) pour identifier et comparer des ensembles de gènes significativement associés à des conditions biologiques ou pathologiques. Il permet aux chercheurs d'interpréter des données d'expression génique et de valider des hypothèses biologiques en comparant plusieurs méthodes d'analyse. Utilisé principalement en recherche médicale et en biologie systémique.

Outil bioinformatique dédié à l'analyse des réseaux métaboliques cellulaires. Il permet de calculer les modes de flux élémentaires (EFM) en utilisant la programmation par ensembles-réponses (ASP) et la programmation linéaire. L'outil intègre des contraintes biologiques pour identifier des voies métaboliques d'intérêt, notamment dans des contextes comme la biologie systémique ou la biotechnologie industrielle. Il facilite l'exploration des réseaux métaboliques à grande échelle pour des applications en recherche fondamentale ou appliquée.

MetExploreViz4 est un outil en ligne dédié à la visualisation et à l'analyse des réseaux métaboliques. Il permet aux chercheurs et biologistes d'explorer, analyser et interpréter des données biologiques complexes à travers des interfaces interactives et modulaires. L'outil facilite la compréhension des interactions moléculaires et des voies métaboliques, aidant ainsi à la recherche en bioinformatique et en biologie systémique.

Outil bioinformatique dédié à l'analyse des réseaux de co-expression de gènes (WGCNA). Il permet aux chercheurs en biologie et en génomique d'identifier des modules de gènes corrélés, d'étudier leurs relations fonctionnelles et de visualiser les résultats sous forme de réseaux. Utilisé principalement en recherche médicale et en biologie systémique pour comprendre les mécanismes moléculaires sous-jacents à des maladies ou des processus biologiques.

Ce projet open source propose une solution pour convertir des données au format JSON en un format graphique structuré, facilitant leur visualisation et leur analyse. Il permet notamment de transformer des données issues de bases de données biologiques ou de réseaux métaboliques en graphes compréhensibles, utiles pour la recherche en bioinformatique et en biologie systémique.

Ce projet fournit des modèles cellulaires spécifiques générés dans le cadre du projet GOLIATH. Il inclut des modèles pour les adipocytes, les hépatocytes et les cellules pancréatiques, ainsi qu'un modèle humain de base. Ces modèles, au format SBML, permettent d'étudier les réseaux métaboliques et d'analyser les réactions biochimiques à l'échelle cellulaire. Ils sont utilisés pour la recherche en biologie systémique et la simulation de processus biologiques.

PanZone est un pipeline bioinformatique conçu pour analyser des zones d'intérêt spécifiques au sein de pangénomes. Il permet de comparer des loci entre différents génomes en utilisant des outils comme PGGB et Minigraph-Cactus. Le pipeline génère des visualisations et des analyses pour évaluer la conservation génomique, facilitant ainsi la recherche en génomique comparative et en biologie des systèmes.

Le projet scaff10x vise à fournir des outils pour le développement et la documentation de recherches en biologie. Il permet la génération de modèles 3D, l'analyse de données génomiques à grande échelle et l'intégration de données multi-omiques pour une meilleure compréhension des systèmes biologiques.

Ce projet développe un plugin pour la bibliothèque LImA, permettant de contrôler des détecteurs de type Mythen3 (détecteurs de rayons X en bande). Il facilite l'acquisition d'images, la configuration des paramètres d'acquisition (temps d'exposition, déclenchement externe) et l'intégration avec des systèmes de contrôle scientifique. Utilisé principalement dans des environnements de recherche, il standardise l'interfaçage avec ces équipements pour des applications en physique, biologie ou science des matériaux.