Minimap2 est un programme d'alignement de séquences polyvalent qui aligne des séquences ADN ou ARN contre une grande base de données de référence. Les cas d'utilisation typiques incluent : (1) la cartographie de lectures PacBio ou Oxford Nanopore sur le génome humain ; (2) la recherche d'overlaps entre lectures longues avec un taux d'erreur allant jusqu'à ~15% ; (3) l'alignement de lectures PacBio Iso-Seq ou Nanopore cDNA ou Direct RNA de manière sensible aux splice contre un génome de référence ; (4) l'alignement de lectures Illumina simples ou appariées ; (5) l'alignement d'assemblages entre eux ; (6) l'alignement de génomes entiers entre deux espèces étroitement apparentées avec une divergence inférieure à ~15%.

Ce projet a pour but d'analyser des séquences d'ADN afin de détecter les répétitions et les motifs qui s'y trouvent. Il permet de comparer des génomes entre eux et de fournir des informations utiles pour la recherche en génomique.

R_QTLseqr est un projet en cours de développement visant à fournir des outils pour l'analyse de données génomiques et la détection de variations génétiques. Il permettra de rechercher des liens entre le génotype et le phénotype, offrant ainsi de nouvelles perspectives pour la recherche biomédicale.

Ce projet consiste en une analyse différentielle d'arbres à partir de données génomiques. Il permet de rechercher des variations génétiques et d'analyser les différences entre différents groupes d'individus.

Ce projet est un conteneur Singularity basé sur Debian 9.8 slim, contenant une installation de Miniconda3 avec Python 3.7.4 version miniconda3_py37_4.11.0. Il permet de construire et de partager un environnement logiciel reproductible pour la recherche en bioinformatique et l'analyse de données génomiques.

Ce projet concerne l'étude de la levure Lachancea lanzarotensis à partir des données assemblées et annotées provenant de la source ENA. Il vise à fournir une base de données et des outils d'analyse pour la recherche en génétique et génomique.

Gatb-rconnector est un outil bio-informatique permettant l'analyse de données génomiques. Il permet la comparaison de séquences d'ADN et l'indexation de génomes de référence, facilitant ainsi la recherche de similarités entre séquences. Cet outil est basé sur une approche probabiliste et permet une utilisation efficace des ressources.

Ce projet est une interface web permettant l'analyse et la visualisation de séquences génomiques. Il offre des fonctionnalités telles que la recherche de similarités entre séquences et l'affichage de phylogrammes.

SGNTX est un prototype de recherche sécurisée de variantes du génome entier basé sur Intel SGX. Il a été développé par S. Carpov et T. Tortech pour la 2ème piste du concours iDASH Privacy & Security Workshop 2017. L'objectif du concours était de développer des solutions évolutives utilisant des matériels sécurisés (c'est-à-dire SGX) pour permettre une recherche sécurisée de variantes du génome entier parmi plusieurs individus.

QTLseqr est un projet en cours de développement dédié à l'analyse de données génomiques. Il permet la détection de variants génétiques et la recherche de gènes associés à des maladies. Le projet vise à offrir une solution robuste et fiable pour les chercheurs en génomique.