Plugin open source pour le logiciel Icy dédié à l'analyse d'images biologiques. Il permet aux chercheurs et biologistes de manipuler des matrices numériques et d'effectuer des calculs avancés directement dans l'environnement Icy. Développé par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur, il s'intègre aux outils de bio-imagerie pour faciliter la recherche en biologie cellulaire et moléculaire.

Ce projet fournit des plugins pour la plateforme Gnomon dédiés à la manipulation et à la visualisation d'images 3D et de nuages de points, notamment pour l'analyse d'images médicales et biologiques. Il permet le filtrage, la segmentation, la quantification cellulaire, l'enregistrement d'images et le suivi de cellules, facilitant ainsi la recherche en biologie cellulaire et en imagerie médicale.

Projet dédié à la segmentation et au suivi automatisé de cellules embryonnaires à partir d'images scientifiques. Il combine des algorithmes avancés pour identifier et analyser les cellules en développement, facilitant ainsi la recherche en biologie cellulaire et en imagerie médicale. Les outils développés permettent une extraction précise des données cellulaires et une visualisation des résultats.

Orthoviewer est un plugin open source intégré au logiciel Icy, dédié à la visualisation et à l'analyse de données 3D en imagerie biologique. Il permet aux chercheurs et scientifiques d'explorer simultanément des données en trois orientations (XY, YZ, XZ) pour une analyse précise et détaillée. Développé par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur, ce outil facilite la compréhension des structures cellulaires et moléculaires, soutenant ainsi la recherche fondamentale et appliquée en biologie.

JFree Chart est une bibliothèque dédiée à la création et à la visualisation de graphiques dans le domaine de l'analyse d'images biologiques. Intégrée au logiciel Icy, elle permet aux chercheurs et scientifiques de générer des représentations graphiques précises et personnalisables pour leurs données expérimentales. Utilisée principalement en imagerie médicale et biologique, elle facilite l'interprétation visuelle des résultats et soutient les travaux de recherche en biologie cellulaire et moléculaire.

Logiciel dédié au traitement et à l'analyse d'images issues de microscopes à haute résolution, notamment pour les expériences de cytométrie en masse. Il permet d'automatiser des étapes clés comme la soustraction de fond, la déconvolution 3D, l'alignement des cycles d'imagerie, la segmentation cellulaire et la génération de cartes de profondeur. Utilisé principalement en recherche biomédicale pour extraire des données quantitatives à partir d'images complexes.

Extension pour le logiciel Icy dédiée à l'analyse d'images biologiques. Spot Detector permet de détecter et compter automatiquement des spots (noyaux, cellules) dans des images 2D ou 3D, souvent bruitées. Il offre des fonctionnalités de filtrage, de tri par régions d'intérêt et d'export des données en fichiers Excel. Utilisé principalement en imagerie cellulaire et microscopie, il facilite l'analyse quantitative des images issues de la recherche biomédicale.

Extension logicielle dédiée à l'analyse d'images biologiques, permettant de générer des vidéos de rotation à 360 degrés d'un volume 3D visualisé dans un logiciel de bioimagerie. Développée par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur, elle s'intègre à Icy, une plateforme open source pour la recherche reproductible en imagerie cellulaire et moléculaire.

Extension pour le logiciel Icy dédiée à l'analyse d'images biologiques. Elle permet de combler automatiquement les trous présents dans les régions d'intérêt (ROI) des séquences d'images, facilitant ainsi l'étude des structures cellulaires ou tissulaires. Développée par des membres de l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur, cette solution s'intègre dans un écosystème open source pour la recherche en imagerie médicale et biologique.

Ce projet centralise des outils open source dédiés à l'analyse d'images biologiques et microscopiques. Il propose des plugins et logiciels spécialisés pour faciliter le traitement, la visualisation et l'interprétation de données issues de microscopes. Développé par des instituts de recherche publics, il vise à standardiser et démocratiser l'accès à des méthodes avancées d'imagerie cellulaire et moléculaire.