Outil dédié à la conversion, l'analyse et la segmentation de données microscopiques au format ND2. Permet de transformer des images brutes en fichiers TIFF optimisés pour l'analyse scientifique. Offre des fonctionnalités avancées de traitement d'images pour l'étude d'organoïdes et de cellules, ainsi que des outils d'extraction de métriques quantitatives pour la recherche biomédicale.

OMERO est une plateforme open source dédiée à la gestion, au partage et à l'analyse d'images scientifiques, notamment issues de la microscopie. Elle permet aux chercheurs de stocker, organiser et collaborer sur des données d'imagerie tout en assurant une intégration avec des outils d'analyse avancée. Utilisée dans le domaine biomédical, elle facilite la reproductibilité et la diffusion des résultats de recherche.

Ce projet centralise des outils open source dédiés à l'analyse d'images biologiques et microscopiques. Il propose des plugins et logiciels spécialisés pour faciliter le traitement, la visualisation et l'interprétation de données issues de microscopes. Développé par des instituts de recherche publics, il vise à standardiser et démocratiser l'accès à des méthodes avancées d'imagerie cellulaire et moléculaire.

Extension logicielle conçue pour enrichir les fonctionnalités du logiciel d'analyse d'images biologiques Icy. Elle propose des outils avancés pour le dessin et la gestion des régions d'intérêt (ROI), ainsi que des solutions pour l'importation et la visualisation de fichiers d'images complexes comme ceux au format LOCI. Développée par des membres de l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur, cette extension facilite le traitement et l'analyse des images microscopiques dans un cadre de recherche biomédicale.

Nabu est un logiciel open source dédié au traitement et à la reconstruction d'images tomographiques, principalement utilisé dans le domaine de la recherche scientifique. Il permet aux chercheurs d'analyser des données issues de techniques d'imagerie avancées comme la tomographie aux rayons X, facilitant ainsi la compréhension de structures complexes à l'échelle microscopique ou macroscopique.

OpenCV est un plugin pour le logiciel d'analyse d'images biologiques Icy, développé par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur. Il permet aux chercheurs et biologistes d'effectuer des traitements avancés sur des images microscopiques, comme la détection d'objets, la segmentation ou l'analyse de séquences vidéo en temps réel. Ce plugin facilite l'automatisation des workflows d'analyse d'images pour des applications en recherche biomédicale.

OuroborosBEM est un outil de simulation avancé dédié aux détecteurs gazeux, utilisant la technique BEM (Boundary Element Method) pour calculer les champs électriques et modéliser la propagation de particules. Il intègre également les effets de charge d'espace, offrant une approche microscopique précise pour l'analyse et la conception de détecteurs. Utilisé dans la recherche en physique des particules, il permet de générer des données simulées pour des études expérimentales.