Ce projet vise à reconstruire le génome ancestral des plantes pour aider à comprendre l'évolution des génomes et à identifier les gènes clés qui ont contribué à la diversification des espèces. Il permet d'analyser les relations entre chromosomes, de valider les clusters chromosomiques et de regrouper les orthogroupes.

DefenseFinder est un outil bioinformatique dédié à l'identification et à l'analyse des systèmes de défense anti-phages dans les génomes bactériens. Il permet aux chercheurs et étudiants d'explorer les mécanismes de résistance des bactéries face aux virus, en utilisant des modèles de Markov cachés pour détecter des systèmes de défense inconnus. Le projet inclut des sessions pratiques pour former les utilisateurs à l'analyse génomique et à la reconstruction phylogénétique.

Ce projet permet de reconstruire les génomes ancestraux de plantes en analysant les relations entre chromosomes et orthogroupes de gènes. Il offre des outils pour identifier les blocs ancestraux conservés (CARs), valider les clusters génomiques et minimiser les événements de fission/fusion chromosomique. Les résultats sont utilisés pour comprendre l'évolution des génomes et faciliter la recherche translationnelle entre cultures.

Outil bioinformatique spécialisé dans l'assemblage de novo de génomes à partir de lectures longues et bruitées. Conçu pour traiter rapidement des données génomiques complexes, il permet aux chercheurs et laboratoires d'obtenir des séquences génomiques complètes et précises. Idéal pour les projets de séquençage à haut débit nécessitant une reconstruction fiable des génomes.

KisSplice est un outil permettant l'analyse de données de séquençage à haut débit d'ADN. Il permet la reconstruction de génomes à partir de données de séquençage et la détection de variants structuraux dans des génomes. Il est basé sur l'algorithme de recherche d'isomères de sous-graphes et permet une analyse efficace et précise des données de séquençage.

Projet dédié à l'analyse et à la comparaison de génomes complets pour identifier des variations génétiques, des duplications ou des réarrangements. Il permet aux chercheurs en biologie et en génomique d'étudier les pangenomes, c'est-à-dire l'ensemble des gènes présents dans une espèce ou une population, afin de mieux comprendre leur diversité et leur évolution. Les outils développés facilitent l'identification de gènes d'intérêt, la reconstruction de pangenomes et l'analyse comparative à grande échelle.

Projet visant à démocratiser l'usage des ressources de calcul intensif (HPC/IA) pour la communauté des sciences de la vie. Il permet aux chercheurs d'accéder à des environnements de workflows communs, des outils et données de référence, ainsi que des portails thématiques. Les cas d'usage incluent le traitement de données massives en génomique, la reconstruction de génomes, et l'optimisation de logiciels comme AlphaFold. Le projet s'appuie sur des partenariats avec des centres de calcul nationaux et régionaux.

Le projet VIROMe est un pipeline dédié à la détection et à la reconstruction des génomes de virus à partir d'échantillons biologiques. Il permet d'identifier et d'assembler les séquences virales, facilitant ainsi l'étude et la surveillance des virus.

Magasp est un outil dédié à la reconstruction de MAGs (Metagenome-Assembled Genomes) à partir de données métagénomiques. Il permet d'analyser les distances entre contigs, de prédire les gènes marqueurs et de traiter des matrices d'abondance et de TNF (TetraNucleotide Frequency). Utilisé principalement en recherche académique, il facilite l'assemblage et l'interprétation de génomes issus de communautés microbiennes complexes.

Miniasm est un outil de reconstruction de génomes à partir de lectures longues, permettant l'assemblage de novo de séquences ADN. Il s'agit d'un logiciel open-source, souvent utilisé en combinaison avec minimap2 pour l'alignement de lectures longues. Cet outil est particulièrement adapté pour les projets de génomique, de biologie des systèmes et de recherche en génétique.