DEXOM est une bibliothèque Matlab permettant la reconstruction et l'énumération de réseaux métaboliques contextuels optimaux. Elle nécessite COBRA Toolbox et un solveur MILP.

Le projet padmet est un outil permettant la reconstruction et la représentation de réseaux métaboliques. Il permet de stocker l'information relative à la reconstruction dans une base de données et de générer des fichiers standards à partir de ces réseaux. Il permet également de représenter les réseaux métaboliques sous forme de wiki, facilitant ainsi leur exploration et leur compréhension.

Ce projet vise à analyser et à comprendre la diversité et l'activité des communautés microbiennes marines à partir de l'étude de génomes bactériens et archéens. Il comprend la reconstruction de réseaux métaboliques, l'étude de la diversité et de l'activité des communautés, ainsi que la modélisation de l'impact des facteurs biotiques sur la structure de ces communautés.

GeMeNet est un pipeline permettant la reconstruction de réseaux métaboliques à partir de génomes bactériens. Il utilise plusieurs outils et bases de données pour annoter les génomes et prédire les voies métaboliques.