Outil dédié à l'analyse d'images confocal de plantes pour déterminer les limites en z des images 3D. Il permet de segmenter les structures biologiques, calculer les volumes cellulaires et générer des illustrations pour des publications scientifiques. Les scripts automatisent les étapes clés et produisent des résultats exploitables pour la recherche en biologie végétale.

Le kit du débutant est un projet dédié à la segmentation d'images biologiques et à l'analyse de données cellulaires. Il fournit des instructions d'installation et d'utilisation de Cellpose, un outil de segmentation d'images, sur différentes plateformes (Windows, Linux) et interfaces (Fiji, QuPath). Le projet vise à automatiser le traitement d'images et à faciliter l'analyse de données cellulaires pour les débutants en bio-image informatique.

Projet dédié à la segmentation et au suivi automatisé de cellules embryonnaires à partir d'images scientifiques. Il combine des algorithmes avancés pour identifier et analyser les cellules en développement, facilitant ainsi la recherche en biologie cellulaire et en imagerie médicale. Les outils développés permettent une extraction précise des données cellulaires et une visualisation des résultats.

Ce projet propose une formation pratique en analyse d'images biologiques pour les scientifiques du vivant. Il couvre les bases du traitement d'images microscopiques, la segmentation, la normalisation et l'extraction de caractéristiques cellulaires. Les participants apprennent à construire des pipelines d'analyse automatisés et à visualiser les résultats. Les supports pédagogiques incluent des notebooks Jupyter et des jeux de données issus du Human Protein Atlas.

Logiciel dédié au traitement et à l'analyse d'images issues de microscopes à haute résolution, notamment pour les expériences de cytométrie en masse. Il permet d'automatiser des étapes clés comme la soustraction de fond, la déconvolution 3D, l'alignement des cycles d'imagerie, la segmentation cellulaire et la génération de cartes de profondeur. Utilisé principalement en recherche biomédicale pour extraire des données quantitatives à partir d'images complexes.