Ce projet vise à développer des modèles mathématiques pour étudier l'initiation et le développement des néoplasmes myéloprolifératifs (MPN), des maladies rares du sang. Il utilise des données génétiques et biologiques pour simuler l'évolution des cellules souches hématopoïétiques mutées, afin de mieux comprendre les mécanismes sous-jacents à ces pathologies et d'orienter les recherches cliniques.

Ce projet aide les biologistes à analyser, visualiser et simuler des données biologiques en utilisant le langage de programmation Python.

Outil open source dédié à la modélisation et à la simulation de processus cellulaires complexes. Permet aux chercheurs et scientifiques de simuler des interactions biologiques, d'analyser des données expérimentales et de visualiser les résultats pour accélérer les découvertes en biologie cellulaire et en médecine.

Ce projet permet de simuler des données biologiques pour évaluer la performance de l'algorithme STOIC. Il génère des jeux de données artificiellement enrichis en caractéristiques de séquence, puis analyse leur co-expression. Les résultats sont utilisés pour valider la robustesse de la méthode dans différents scénarios. Les simulations couvrent plusieurs niveaux d'enrichissement et produisent des visualisations pour publication.

Plugin pour le logiciel Icy dédié à la génération d'objets aléatoires utiles en analyse d'images biologiques. Il permet de créer des entiers, des nombres décimaux ou des sous-séquences aléatoires, facilitant ainsi la simulation de données et le test d'algorithmes dans un contexte de recherche en imagerie médicale ou biologique.

Projet dédié à la simulation et à l'analyse des mouvements de larves biologiques. Il permet de modéliser des trajectoires, d'optimiser des paramètres mécaniques et de reconstruire en 3D des structures musculaires et cuticulaires. Les outils développés facilitent la visualisation et la correction manuelle des données, ainsi que l'automatisation de simulations sur cluster pour des analyses à grande échelle.

EVIVALDI est un outil de simulation dédié à l'étude des systèmes microbiens et biologiques. Il permet de modéliser des processus complexes, d'analyser des données expérimentales et de visualiser les résultats de manière interactive. Le projet est particulièrement utile pour les chercheurs et les biologistes souhaitant comprendre et prédire le comportement de systèmes microbiens dans divers environnements.

Phylanim est un outil dédié à l'analyse et à la visualisation de données phylogénétiques. Il permet aux chercheurs et biologistes de modéliser des scénarios évolutifs, comparer des séquences génétiques et générer des arbres évolutifs interactifs. L'application facilite l'exploration des relations entre espèces et la simulation de processus biologiques complexes.

Ce projet accompagne une publication scientifique visant à développer un cadre de travail pour résoudre des problèmes inverses en biologie. Il utilise des données de capteurs de phéromones pour détecter la présence d'insectes ravageurs dans les cultures. Le code permet de simuler la propagation des phéromones, d'optimiser la localisation des sources d'émission et de générer des cartes de présence d'insectes. Les résultats sont présentés sous forme de figures et de données exploitables pour la recherche agronomique.

Le projet neuromorphic-platform est une plateforme dédiée à la simulation et à la conception de systèmes neuromorphiques et de réseaux de neurones artificiels. Il permet aux chercheurs et aux professionnels de l'intelligence artificielle d'analyser des données biologiques et de développer des algorithmes d'apprentissage machine avancés.