Ce projet vise à développer des modèles mathématiques pour étudier l'initiation et le développement des néoplasmes myéloprolifératifs (MPN), des maladies rares du sang. Il utilise des données génétiques et biologiques pour simuler l'évolution des cellules souches hématopoïétiques mutées, afin de mieux comprendre les mécanismes sous-jacents à ces pathologies et d'orienter les recherches cliniques.

InSillyClo est un outil web dédié à l'automatisation des workflows de clonage génétique, notamment Golden-Gate et MoClo. Il permet aux chercheurs de concevoir plusieurs plasmides simultanément, de récupérer automatiquement les séquences plasmidiques et de simuler les étapes de digestion enzymatique et de PCR. Le service génère également des données de campagne de clonage et facilite l'intégration avec des outils de laboratoire automatisés.

MorphoNet est un navigateur web innovant permettant de visualiser et d'interagir avec des ensembles de données morphodynamiques complexes, avec des applications dans la recherche et l'enseignement. MorphoNet offre un large éventail d'interactions pour explorer la structure, la dynamique et la variabilité des formes biologiques et leur lien avec les expressions génétiques. En gérant une large gamme de données morphologiques naturelles ou simulées, il comble une lacune qui a jusqu'à présent limité la compréhension quantitative de la morphodynamique et de ses fondements génétiques en contribuant à la création d'atlas morphologiques toujours plus nombreux.

Le package R 'sameStrain' est un outil dédié à l'analyse et à la simulation de données génétiques de bactéries. Il permet de calculer des statistiques sur les données, de simuler des événements de mutation et de recombinaison, et de visualiser les résultats grâce à des graphiques générés avec ggplot2.

PLIBS_9_LEARNING est une bibliothèque logicielle dédiée à l'analyse et à la modélisation de données issues de simulations ou d'expériences scientifiques. Elle permet de configurer, exécuter et visualiser des algorithmes d'optimisation avancés, notamment basés sur des méthodes génétiques. Utilisée principalement en physique expérimentale, elle facilite l'interprétation des résultats et l'ajustement de modèles théoriques aux données observées.

Ce projet permet de comparer des logiciels d'inférence d'ascendance locale (LAI) par simulation. Il exécute des simulations de données génétiques, formate ces données pour différents logiciels (SABER, WINPOP, ELAI), exécute ces logiciels et compare leurs résultats avec les données réelles. L'objectif est d'évaluer la précision et l'efficacité des méthodes d'inférence génétique dans des populations mélangées.

Ce projet permet de simuler des individus végétaux avec des génomes mosaïques pour tester des outils d'analyse génétique. Il utilise des simulateurs de coalescence comme *scrm* et *coala* pour produire des populations sources, puis applique des étapes de reproduction personnalisées. Les données générées peuvent être exportées dans différents formats pour des analyses ultérieures.

Phylanim est un outil dédié à l'analyse et à la visualisation de données phylogénétiques. Il permet aux chercheurs et biologistes de modéliser des scénarios évolutifs, comparer des séquences génétiques et générer des arbres évolutifs interactifs. L'application facilite l'exploration des relations entre espèces et la simulation de processus biologiques complexes.

Ce workflow Snakemake automatise la conversion de fichiers fastq en fichiers VCF pour l'analyse de données génomiques à faible couverture. Il est conçu pour simuler des populations biparentales et a été utilisé dans le cadre du projet ANR RecombinationLandscape. Le pipeline intègre des outils spécialisés pour traiter des données de séquençage NGS et produire des résultats exploitables pour des recherches en génétique.

Package R pour la sélection génomique de lignées de blé, contenant des fonctions pour le calcul de la matrice de relation additive, la sélection de marqueurs, la réduction de la taille de la population d'entraînement, l'imputation de données manquantes, la simulation de QTL et la prédiction de la valeur génétique.