Le projet SOMA-DNS a pour but de développer des implémentations efficaces de techniques de simulation particulaire sur des architectures GPU massivement parallèles. Il se concentre sur les systèmes physiques à l'échelle mésoscopique, tels que les suspensions colloïdales, où les techniques de simulation particulaire telles que la dynamique moléculaire (MD), la dynamique brownienne (BD), la dynamique dissipative des particules (DPD) et la dynamique stochastique des rotations (SRD) sont largement utilisées. Le projet a pour objectif d'optimiser la recherche de voisinage, qui est le principal goulot d'étranglement dans ces techniques, et de créer un logiciel open source pour la simulation de suspensions colloïdales.

Ce projet consiste en un conteneur Singularity avec PALM installé, ainsi que Conda2 pour fournir un environnement gcc 7.5. Il inclut également des bibliothèques Python spécifiques pour la dynamique moléculaire, telles que mpi4py, Cython, numpy, scipy, etc. Il permet de lancer des simulations de dynamique moléculaire, d'analyser les données résultantes et de gérer ces données.

Ddmpy est un projet de simulation de dynamique moléculaire dédié à l'étude de systèmes biologiques et à la recherche en science des matériaux. Il permet de prédire les propriétés chimiques et physiques de molécules et de matériaux en utilisant des méthodes numériques avancées.

Simulation de systèmes moléculaires à l'aide de différentes méthodes numériques, telles que la méthode de Langevin et la dynamique moléculaire. Permet de calculer des propriétés thermodynamiques telles que la capacité calorifique et la conductivité thermique.

Implémentation C++ de l'algorithme Generalized Parallel Replica pour la simulation de dynamique moléculaire à long terme de systèmes biomoléculaires métastables.