Mosaic est un projet dédié à la simulation et l'analyse de la morphogenèse dans un environnement silico. Il permet de créer des modèles et des simulations de processus biologiques complexes.

SnakeMETANA est un projet qui exécute le pipeline SMETANA sur une liste de communautés et de modèles SBML. Il a besoin d'un solveur tel que CPLEX ou gurobi pour fonctionner. Le projet permet l'optimisation de modèles biologiques, l'analyse de réseaux de gènes et la simulation de scénarios biologiques.

DREADDs est un projet dédié à l'analyse et à la modélisation de données biologiques, en particulier dans le domaine des réseaux neuronaux. Il offre des fonctionnalités avancées de simulation et d'analyse de ces réseaux, permettant ainsi de mieux comprendre leur fonctionnement et leur dynamique.

OpenAlea est une plateforme de développement pour la modélisation et la simulation de systèmes biologiques. Elle propose des outils pour l'analyse de données expérimentales et permet la création de workflows personnalisés.

Le projet ReactionDiffusion est un outil de simulation de réactions chimiques dans des milieux diffusifs. Il permet de modéliser des processus biologiques impliquant des réactions et diffusions, en utilisant une approche par éléments finis.

Le projet elementaryx est une plateforme dédiée à la simulation et à l'analyse de systèmes complexes, offrant des fonctionnalités avancées de visualisation de données. Il permet aux chercheurs et ingénieurs de modéliser et d'étudier des phénomènes complexes dans divers domaines tels que la physique, la biologie, l'ingénierie et les sciences sociales.

Bibliothèque Python proposant des structures de données et algorithmes pour la représentation et manipulation de complexes cellulaires. Utile dans l'analyse et la modélisation de structures cellulaires, la simulation de comportements de cellules et la reconstruction 3D de structures biologiques.

Le projet Bidomain est une bibliothèque logicielle permettant la modélisation et la simulation de systèmes bi-domaines, avec une spécialisation dans l'électrophysiologie. Il permet d'analyser la propagation de signaux dans des milieux biologiques, tels que le cœur ou le cerveau.

WALTer est un projet dédié à l'analyse de données de réseaux, à la modélisation de systèmes complexes et à la simulation de croissance de plantes. Il offre une plateforme robuste pour les scientifiques et les ingénieurs travaillant dans les domaines de la biologie, de l'écologie et de l'agriculture.