Ce projet scientifique développe un outil en R pour quantifier l'impact de l'ajout de données opportunistes (comme les observations citoyennes) dans les modèles d'estimation de l'abondance et de la distribution de la mégafaune marine. Il simule des campagnes d'observation, intègre des données opportunistes, et compare les résultats avec des abondances simulées pour évaluer la précision des modèles. L'objectif est d'améliorer les méthodes de conservation et de gestion des écosystèmes marins.

Cnvpipelines est un workflow conçu pour détecter les variations du nombre de copies (CNV) dans le génome, y compris les délétions (DEL), les inversions (INV) et les duplications (DUP). Il est construit à l'aide de Snakemake et utilise une variété d'outils tiers pour fonctionner correctement, tels que delly, lumpy, pindel et svtyper. Le workflow peut être utilisé pour aligner des fichiers Fastq sur une référence, détecter des variants et comparer les variants détectés aux variants réels dans des simulations de population.

Ce projet est un simulateur en C++ basé sur un modèle de champ moyen pour reproduire la dynamique d'un modèle SIR (Susceptible-Infecté-Rétabli). Il permet d'étudier la propagation d'une épidémie en analysant l'évolution des populations au fil du temps, en intégrant des paramètres comme le taux de transmission ou de guérison.

Ce projet est un jeu sérieux sous forme de simulation de gestion urbaine où le joueur incarne le maire d'une ville. Le but est de comprendre l'impact d'un grand acteur du numérique sur les décisions locales. Le joueur doit équilibrer des indicateurs comme la population, le bonheur, le budget et l'influence de l'entreprise sur 10 tours. Les choix influencent directement ces paramètres, avec des scénarios gagnants ou perdants selon leur équilibre.

Mmage est un outil dédié à la simulation de la dynamique des populations animales à l'aide de modèles matriciels discrets. Il permet de modéliser des troupeaux d'élevage, notamment dans des contextes tropicaux où les animaux sont gérés de manière extensive. Le projet prend en compte la répartition des populations par classe d'âge et de sexe, offrant ainsi une analyse fine des structures démographiques pour soutenir la gestion et la prise de décision dans le domaine de l'élevage.

Le projet micmac-scala est dédié à la simulation et l'analyse de la propagation épidémique au sein de populations. Il offre des fonctionnalités pour intégrer des données démographiques, calculer des dérivées et générer des prévisions de flux de population.

Ce projet est une documentation relative aux projets du simulateur Agriterix. Il contient des études sur la dynamique de population, le prétraitement des données agricoles pour l'état initial, l'importation/exportation, et la génération de matrices de transitions. Le simulateur principal se trouve dans le dépôt 'simulator'.

Outil dédié à la modélisation et à l'analyse de scénarios épidémiologiques pour évaluer l'impact de maladies infectieuses. Permet aux chercheurs et décideurs de simuler des situations de crise sanitaire, d'optimiser les stratégies de réponse et d'anticiper les besoins en ressources médicales. Facilite la prise de décision basée sur des données probantes pour protéger les populations.

ArbocartoR est une interface utilisateur développée par Cirad dans le cadre du projet H2020 MOOD. Cet outil permet de simuler et d'explorer les dynamiques de populations de moustiques Aedes (albopictus et aegypti) dans différents environnements et la dynamique de transmission de trois arbovirus : dengue, zika, chikungunya. Il fournit également des indicateurs clés pour soutenir le processus décisionnel dans la mise en œuvre de la surveillance et du contrôle.

Spatialdata est un projet dédié à l'analyse et la simulation de données géospatiales. Il permet de créer des réseaux de transport, de simuler des populations et leur trafic, ainsi que de calculer des densités de population et d'emploi.