Outil open source dédié à la modélisation et à la simulation de processus cellulaires complexes. Permet aux chercheurs et scientifiques de simuler des interactions biologiques, d'analyser des données expérimentales et de visualiser les résultats pour accélérer les découvertes en biologie cellulaire et en médecine.

EVIVALDI est un outil de simulation dédié à l'étude des systèmes microbiens et biologiques. Il permet de modéliser des processus complexes, d'analyser des données expérimentales et de visualiser les résultats de manière interactive. Le projet est particulièrement utile pour les chercheurs et les biologistes souhaitant comprendre et prédire le comportement de systèmes microbiens dans divers environnements.

Phylanim est un outil dédié à l'analyse et à la visualisation de données phylogénétiques. Il permet aux chercheurs et biologistes de modéliser des scénarios évolutifs, comparer des séquences génétiques et générer des arbres évolutifs interactifs. L'application facilite l'exploration des relations entre espèces et la simulation de processus biologiques complexes.

Projet dédié à l'application des principes de la physique dans le domaine médical. Il permet de modéliser et simuler des phénomènes physiques pour améliorer la compréhension des processus biologiques, optimiser les protocoles médicaux et analyser des données biomédicales. Les outils développés visent à soutenir la recherche et l'innovation en imagerie médicale et en diagnostic.

Mosaic est un projet dédié à la simulation et l'analyse de la morphogenèse dans un environnement silico. Il permet de créer des modèles et des simulations de processus biologiques complexes.

Ce projet fournit des modèles cellulaires spécifiques générés dans le cadre du projet GOLIATH. Il inclut des modèles pour les adipocytes, les hépatocytes et les cellules pancréatiques, ainsi qu'un modèle humain de base. Ces modèles, au format SBML, permettent d'étudier les réseaux métaboliques et d'analyser les réactions biochimiques à l'échelle cellulaire. Ils sont utilisés pour la recherche en biologie systémique et la simulation de processus biologiques.

PyRive est un modèle biogéochimique développé par le CNRS et Sorbonne Université pour simuler le fonctionnement des écosystèmes aquatiques. Il représente les concentrations d'oxygène, de nutriments dissous et particulaires, de matière organique, ainsi que les compartiments biologiques comme le phytoplancton, le zooplancton et les bactéries. Le modèle prend également en compte les variables benthiques et les processus de nitrification.

Ce projet est une bibliothèque Julia dédiée à la simulation, l'inférence statistique et la vérification de chaînes de Markov à temps continu. Il permet de modéliser des réseaux de réactions chimiques et des réseaux de Petri stochastiques, tout en offrant des méthodes d'approximation bayésienne pour l'analyse de systèmes dynamiques complexes. Les outils implémentés facilitent l'étude des processus stochastiques dans des domaines comme la biologie des systèmes ou la chimie computationnelle.

MOWL bench est un projet dédié à l'évaluation et à la comparaison de benchmarks pour des ontologies issues du corpus MOWL. Il propose des traductions de bases de connaissances associées et inclut des requêtes complexes issues des niveaux profonds du processus de chase. Le projet couvre divers domaines comme la simulation sociale, l'encodage de données, la biologie ou encore l'algorithmique.

Ce projet permet d'analyser et de modéliser des relations bidirectionnelles entre entités à partir de données structurées. Il facilite la compréhension des interactions complexes dans des réseaux, comme les flux logistiques, les relations sociales ou les systèmes biologiques. L'outil génère des visualisations et des métriques pour identifier des motifs, optimiser des processus ou simuler des scénarios dynamiques. Il s'adresse aux chercheurs, ingénieurs ou analystes travaillant sur des données relationnelles.