Ce projet est une formation et un accompagnement au Calcul, au Cloud et à Kubernetes, qui se déroule à Sète en 2023. Il a pour but de présenter les possibilités offertes par les images Singularity et de fournir des tutoriels pour l'installation, la création et l'utilisation de ces images. Il aborde également l'utilisation de Conda dans un container Singularity et la création d'image pour exécuter du code MPI.

Ce projet est une formation et un accompagnement au calcul, au cloud et à Kubernetes, avec une spécialisation sur l'utilisation de Singularity. Il propose des tutoriels et des exemples de recettes pour créer, utiliser et gérer des images Singularity, ainsi que des tutoriels sur l'utilisation de CI/CD pour automatiser la création d'images.

Ce projet vise à fournir des tutoriels et des ressources pour l'utilisation de Singularity, un outil de conteneurisation logicielle. Il couvre des sujets tels que l'installation de Singularity, la création et l'utilisation d'images Singularity, l'utilisation de CI/CD pour la création automatique d'images, l'utilisation du système de packaging Conda dans des conteneurs, la création d'images pour l'exécution de code MPI, la réutilisation d'images de bases préconstruites et la création d'images pour des services en conteneurs.

Met4j est une bibliothèque Java dédiée à l'analyse de réseaux métaboliques. Le conteneur Singularity fourni vise à faciliter l'utilisation de met4j-toolbox, le package met4j contenant des applications.

Ce projet permet de construire des images de conteneurs à partir de recettes locales ou de recettes provenant de Docker. Il offre la possibilité de créer des sandbox pour les constructions d'images, ce qui est utile pour gérer les dépendances et les fichiers temporaires.

Singularity est une technologie permettant d'exécuter des applications Linux dans un environnement isolé et reproductible, appelé conteneur. Un conteneur contient l'environnement nécessaire à l'exécution d'une application, sur n'importe quelle machine exécutant un noyau Linux.

Ce projet génère des images de conteneurs Singularity pour l'environnement de développement FEEL++, facilitant ainsi l'installation et le déploiement du logiciel. Il s'intègre avec Docker pour fournir une solution flexible et portable.

Ce projet consiste en un conteneur Singularity avec PALM installé, ainsi que Conda2 pour fournir un environnement gcc 7.5. Il inclut également des bibliothèques Python spécifiques pour la dynamique moléculaire, telles que mpi4py, Cython, numpy, scipy, etc. Il permet de lancer des simulations de dynamique moléculaire, d'analyser les données résultantes et de gérer ces données.

Singularity Installation est un projet dédié à l'installation et à la configuration de Singularity, un outil permettant la création d'environnements d'exécution isolés et la conteneurisation d'applications. Ce projet facilite la portabilité d'applications entre différents systèmes en fournissant des instructions d'installation et de configuration détaillées.

Ce projet permet de construire une image Singularity contenant des outils spécifiques pour l'analyse de données génomiques, ainsi qu'un workflow Snakemake pour visualiser des statistiques. L'image Singularity est automatiquement construite et déployée sur un registry grâce à Gitlab-CI.