BioPipes est une application dédiée à la bioinformatique qui propose un environnement standardisé pour exécuter des pipelines d'analyse de données biologiques. Elle intègre des outils comme Nextflow, Snakemake et CWLTool, ainsi que des gestionnaires de paquets (Conda/Mamba) configurés avec des canaux spécialisés (R, bioconda, conda-forge). L'application facilite le déploiement et la gestion des outils nécessaires aux chercheurs en biologie, en offrant une solution clé en main pour leurs besoins computationnels.

Ce projet est un fichier POM parent Maven dédié à Icy, une plateforme open source d'analyse d'images biologiques développée par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur. Il centralise et standardise la configuration des dépendances et des profils Maven pour Icy et ses plugins, garantissant une cohérence technique et une maintenance simplifiée. Il permet aux développeurs de bénéficier d'une structure de projet unifiée et automatisée pour leurs extensions.

Ce projet est un fichier POM Maven parent dédié à Icy, une plateforme open source d'analyse d'images bio-médicales développée par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur. Il centralise et standardise la configuration des builds pour Icy et ses extensions, garantissant une cohérence technique et une gestion simplifiée des dépendances. Il permet aux développeurs de se concentrer sur le développement de fonctionnalités sans se soucier des détails de configuration Maven.

Bibliothèque partagée dédiée à la gestion centralisée des logs pour les logiciels d'analyse d'images biologiques, notamment Icy et ses plugins. Elle facilite la standardisation des messages de débogage, améliore la traçabilité des erreurs et simplifie la maintenance des applications scientifiques en fournissant des outils de configuration et de visualisation adaptés aux besoins des développeurs et des utilisateurs.

Outil dédié à la standardisation et à la comparaison de réseaux métaboliques. Il permet d'identifier les différences entre un réseau cible et un réseau de référence en analysant les métabolites et les réactions. Le projet génère des fichiers de correspondance, des scores de similarité et des listes d'entités uniques ou divergentes, facilitant ainsi la normalisation des données biologiques.

Ce projet centralise des outils open source dédiés à l'analyse d'images biologiques et microscopiques. Il propose des plugins et logiciels spécialisés pour faciliter le traitement, la visualisation et l'interprétation de données issues de microscopes. Développé par des instituts de recherche publics, il vise à standardiser et démocratiser l'accès à des méthodes avancées d'imagerie cellulaire et moléculaire.

Pipeline automatisé conçu pour reconstruire des données issues de six puces (chips) en un format structuré et exploitable. Utilisé principalement dans le domaine de la recherche biomédicale, il permet de traiter des jeux de données complexes issus d'expériences biologiques, réduisant ainsi le temps et les erreurs liés aux manipulations manuelles. Le projet facilite la reproductibilité et la standardisation des analyses.

Outil spécialisé dans l'évaluation et la classification de structures protéiques complexes. Il calcule des métriques d'assessment couramment utilisées en biologie structurale, comme les scores CAPRI, DockQ et l-DDT. Permet de valider la qualité des modèles de docking moléculaire pour des complexes impliquant peptides, acides nucléiques ou oligosaccharides, en fournissant une analyse quantitative et une classification selon des critères standardisés.

Ce projet fournit des outils pour convertir et standardiser les identifiants de gènes du nématode *Caenorhabditis elegans*. Il permet aux chercheurs en biologie de transformer des identifiants entre différents formats (cosmid, nom de gène, identifiant Wormbase) pour faciliter les analyses génomiques et les comparaisons de données. Les scripts et fonctions proposés s'appuient sur des données issues de Wormbase, une base de données de référence en génétique du nématode.