Ce projet vise à établir un socle commun de données de santé entre les entrepôts de données hospitaliers (EDSH) en définissant des standards d'interopérabilité. Il propose un guide d'implémentation basé sur le standard FHIR pour faciliter l'échange et la standardisation des données médicales (biologie, médicaments, PMSI, etc.). Destiné aux établissements de santé et aux professionnels de santé, il permet une meilleure intégration et exploitation des données tout en garantissant leur cohérence et leur évolutivité.

BioPipes est une application dédiée à la bioinformatique qui propose un environnement standardisé pour exécuter des pipelines d'analyse de données biologiques. Elle intègre des outils comme Nextflow, Snakemake et CWLTool, ainsi que des gestionnaires de paquets (Conda/Mamba) configurés avec des canaux spécialisés (R, bioconda, conda-forge). L'application facilite le déploiement et la gestion des outils nécessaires aux chercheurs en biologie, en offrant une solution clé en main pour leurs besoins computationnels.

Ce projet permet de définir et de gérer des schémas de données structurés pour des connaissances biologiques ou médicales. Il facilite la création de modèles de données standardisés, améliorant l'interopérabilité et la documentation des projets liés à la génomique ou à la bioinformatique. Les schémas générés servent de base pour des applications ou des bases de données spécialisées.

Pipeline automatisé conçu pour reconstruire des données issues de six puces (chips) en un format structuré et exploitable. Utilisé principalement dans le domaine de la recherche biomédicale, il permet de traiter des jeux de données complexes issus d'expériences biologiques, réduisant ainsi le temps et les erreurs liés aux manipulations manuelles. Le projet facilite la reproductibilité et la standardisation des analyses.

Ce projet fournit des outils pour convertir et standardiser les identifiants de gènes du nématode *Caenorhabditis elegans*. Il permet aux chercheurs en biologie de transformer des identifiants entre différents formats (cosmid, nom de gène, identifiant Wormbase) pour faciliter les analyses génomiques et les comparaisons de données. Les scripts et fonctions proposés s'appuient sur des données issues de Wormbase, une base de données de référence en génétique du nématode.

Outil dédié à la standardisation et à la comparaison de réseaux métaboliques. Il permet d'identifier les différences entre un réseau cible et un réseau de référence en analysant les métabolites et les réactions. Le projet génère des fichiers de correspondance, des scores de similarité et des listes d'entités uniques ou divergentes, facilitant ainsi la normalisation des données biologiques.

Ce projet centralise des outils open source dédiés à l'analyse d'images biologiques et microscopiques. Il propose des plugins et logiciels spécialisés pour faciliter le traitement, la visualisation et l'interprétation de données issues de microscopes. Développé par des instituts de recherche publics, il vise à standardiser et démocratiser l'accès à des méthodes avancées d'imagerie cellulaire et moléculaire.

Ce projet propose un format texte standardisé pour représenter des histogrammes sous forme de fichiers ASCII. Il permet de stocker des données statistiques de manière portable, lisible par l'humain et réutilisable par différentes bibliothèques logicielles. Le format est conçu pour être indépendant des outils spécifiques et facilite l'échange de données entre chercheurs et ingénieurs en physique, biologie ou autres domaines scientifiques.

Outil dédié à l'automatisation et à l'optimisation de workflows scientifiques, notamment en bioinformatique. Il permet aux chercheurs de concevoir, exécuter et partager des pipelines de traitement de données génomiques ou biologiques de manière reproductible et efficace. Facilite la collaboration entre équipes en standardisant les processus analytiques.