Cet algorithme public permet d'identifier les patients à risque vasculaire (diabète, hypertension) pour calculer des indicateurs de dépistage biologique de l'insuffisance rénale chronique (IRC). Il analyse les données du SNDS (DCIR) pour produire des statistiques sur les examens biologiques (créatinine, albuminurie) et les décliner par département, région, classe d'âge et sexe. Les résultats visent à améliorer la prise en charge des patients selon leur stade de MRC, en orientant vers des parcours de soins adaptés (primaires ou spécialisés).

Outil dédié à l'analyse de données de séquençage ARN à haut débit (RNA-seq) pour identifier les gènes dont l'expression est modifiée entre différentes conditions biologiques. Permet aux chercheurs en biologie computationnelle et en génomique de traiter des tableaux d'expression génique, de générer des visualisations statistiques et de produire des rapports automatisés pour faciliter l'interprétation des résultats expérimentaux.

Ce projet vise à introduire les approches computationnelles pour l'étude des systèmes biologiques. Grâce à des techniques expérimentales novatrices, le fonctionnement des systèmes biologiques peut désormais être exploré avec une précision quantitative au niveau du génome. Ce cours propose une introduction aux aspects bioinformatiques et statistiques de l'analyse de données biologiques à grande échelle (OMICs) et offre des exercices pratiques pour approfondir la compréhension de concepts clés par une expérience concrète sur des jeux de données choisis.

SingR est une application de bureau conçue pour faciliter l'analyse et la visualisation de données de séquençage ARN à cellule unique (scRNA-seq). Elle permet aux chercheurs, même sans compétences en programmation, d'explorer des jeux de données, de vérifier les contrôles qualité, de visualiser les clusters cellulaires, d'identifier les gènes différentiels et d'analyser les voies biologiques enrichies. L'outil propose des interfaces intuitives pour générer des graphiques personnalisables et téléchargeables, ainsi que des analyses statistiques intégrées pour interpréter les résultats biologiques.

ASTERICS est une plateforme open source dédiée à l'analyse statistique et à la visualisation de données biologiques et environnementales. Elle permet aux chercheurs et scientifiques de manipuler, analyser et interpréter des jeux de données complexes grâce à des outils interactifs et des méthodes statistiques avancées. L'application facilite la collaboration en ligne et offre des fonctionnalités pour gérer des projets de recherche, tout en garantissant une accessibilité et une réutilisation des données conformes aux licences ouvertes.

SingR est une application locale dédiée à l'analyse et à la visualisation de données de séquençage ARN simple cellule (scRNA-seq). Elle permet aux chercheurs d'explorer la composition des échantillons cellulaires, d'évaluer la qualité des données, de comparer l'expression génétique entre groupes, et d'identifier des voies biologiques enrichies. L'outil intègre des fonctionnalités de visualisation avancées (UMAP, t-SNE, PCA) et des tests statistiques pour faciliter l'interprétation des résultats biologiques.

MaxPlot est un outil spécialisé dans l'analyse et la visualisation de données dose-réponse pour des molécules biologiques. Il permet de générer des courbes de réponse avec intervalles de confiance, d'évaluer la distribution des données, de réaliser des tests statistiques (normalité, variance, ANOVA) et de comparer les EC50 (concentration efficace médiane) entre différentes molécules. Les résultats sont présentés sous forme de graphiques et de rapports détaillés pour faciliter l'interprétation des données expérimentales.

CoGSEA est un outil bioinformatique dédié à l'analyse comparative d'enrichissement de gènes. Il permet aux chercheurs en biologie moléculaire d'identifier et de comparer les voies biologiques significativement enrichies dans des jeux de données transcriptomiques. En intégrant des méthodes statistiques avancées, il facilite l'interprétation des résultats d'expériences RNA-seq ou microarray, aidant ainsi à comprendre les mécanismes biologiques sous-jacents à différents états cellulaires ou conditions expérimentales.

Outil dédié à l'évaluation et au benchmarking des méthodes de détection des changements de pression sélective dans des jeux de données biologiques ou génomiques. Il permet de comparer objectivement les performances de différents algorithmes et approches statistiques pour identifier des variations évolutives dans des séquences génétiques ou des données phénotypiques.

Outil dédié à l'analyse et à la visualisation de données biologiques complexes, notamment pour l'étude des trajectoires cellulaires et des variations d'expression génique. Permet aux chercheurs de générer des graphiques interactifs et des visualisations statistiques pour faciliter l'interprétation des résultats expérimentaux.