Ce projet concerne l'analyse de données génomiques de trois espèces de poissons méditerranéens : mullus surmuletus, diplodus sargus et serranus cabrilla. Il comprend des scripts et des outils pour le filtrage des données SNPs, la description des SNPs sur le génome, le calcul de la distance moyenne entre les SNPs et le comptage des SNPs situés dans ou en dehors des régions codantes et mitochondriales.

Outil en ligne de commande conçu pour analyser des fichiers GFF3 et leurs séquences associées au format FASTA. Il génère des statistiques détaillées sur les annotations génomiques, comme le contenu en GC, les sous-séquences ou les informations de positionnement. Utilisé principalement par des chercheurs en bioinformatique pour évaluer la qualité et les caractéristiques des données génomiques.

Outil dédié à l'exécution d'analyses statistiques avancées sur des données génétiques à grande échelle. Il permet de préparer les données, lancer des analyses complexes et parser les résultats pour en extraire des insights pertinents. Utilisé principalement dans le cadre de recherches génomiques, il facilite le traitement automatisé de jeux de données volumineux et leur interprétation.

FQreport est un outil en ligne de commande conçu pour analyser des fichiers FASTQ issus du séquençage haut débit. Il calcule et génère des statistiques descriptives essentielles comme le nombre de lectures et de bases, la distribution des longueurs de lectures, la fréquence des nucléotides par position, ainsi que les scores de qualité Phred et leurs quartiles. L'outil permet d'évaluer la qualité des données génomiques et d'identifier d'éventuelles erreurs de séquençage, facilitant ainsi l'interprétation des résultats pour les chercheurs en biologie moléculaire.

Ce projet fournit des wrappers pour Snakemake, un outil d'automatisation des workflows bioinformatiques. Il facilite le traitement et l'analyse de données de séquençage haut débit en standardisant les pipelines. Les wrappers permettent d'intégrer facilement des étapes comme le mappage sur un génome, le comptage de lectures ou la génération de statistiques. Le tout est conçu pour être réutilisable et modulaire, améliorant ainsi la reproductibilité et l'efficacité des analyses génomiques.

Ce package est un outil d'aide à la préparation de données pour l'analyse de données génomiques, en particulier pour le formatage des statistiques sommaires de GWAS (Genome-Wide Association Studies) dans le format d'entrée requis par JASS. Il permet de réaligner les statistiques sommaires de GWAS sur une référence panel.

Sex Detector++ est un outil bioinformatique conçu pour inférer statistiquement les gènes liés au sexe à partir de données RNA/DNA issues de croisements (parents et descendants). Il permet d'analyser des jeux de données génomiques de grande taille sur des machines standard, en améliorant significativement la vitesse et l'efficacité mémoire par rapport à la version originale en Perl. Trois variantes de modèles sont disponibles pour adapter l'analyse aux spécificités des données.

ExploreMetabar est une application interactive en R Shiny conçue pour analyser et explorer des données de métabarcoding (16S, ITS) issues de séquençage génomique. Elle permet aux chercheurs et biologistes de filtrer, normaliser et visualiser des données de microbiome à travers des modules dédiés à la composition taxonomique, la diversité alpha et bêta, les analyses différentielles et les statistiques multivariées. Les résultats sont exportables sous forme de tableaux, graphiques ou objets R pour une analyse approfondie.

PhageTermVirome est un logiciel dédié à l'analyse des génomes de phages et des viromes. Il permet de déterminer les terminaisons génomiques et les modes d'encapsidation des phages à partir de données de séquençage. L'outil calcule des valeurs de couverture pour identifier les terminaisons cohésives, les répétitions terminales directes ou les modes d'encapsidation de type Mu. Il génère des rapports détaillés et des tableaux statistiques pour faciliter l'interprétation des résultats.

Ce projet vise à fournir des ressources génomiques pour l'étude des poissons méditerranéens. Il comprend des scripts et des outils pour l'assemblage de génomes nucléaires, le traitement de données RAD-seq, et le calcul de statistiques sur les SNPs.