Outil en ligne de commande conçu pour analyser des fichiers GFF3 et leurs séquences associées au format FASTA. Il génère des statistiques détaillées sur les annotations génomiques, comme le contenu en GC, les sous-séquences ou les informations de positionnement. Utilisé principalement par des chercheurs en bioinformatique pour évaluer la qualité et les caractéristiques des données génomiques.

Contig_info est un programme en ligne de commande écrit en Bash permettant d'estimer rapidement plusieurs statistiques descriptives à partir de fichiers de séquences FASTA issues de méthodes d'assemblage génomique _de novo_. Les statistiques estimées comprennent le nombre de séquences, les comptages de résidus nucléotidiques, les teneurs en AT et GC, les longueurs de séquences, ainsi que des mesures de continuité telles que l'auN, les N50, L50, NG50, et LG50.

Ce projet propose des utilitaires pour analyser l'usage des codons dans les séquences génétiques. Il permet aux chercheurs en bioinformatique d'étudier les biais de codons, d'optimiser des séquences pour l'expression génique ou de comparer des profils de codons entre différentes espèces. Les outils développés facilitent l'analyse statistique et visuelle des données génomiques.

Ce projet vise à analyser des séquences génomiques de micro-organismes à l'aide de méthodes de métabarcoding haute fidélité. Il permet d'identifier les taxons bactériens présents dans un échantillon et d'étudier la diversité microbienne. Le projet est basé sur l'utilisation de l'outil FROGS et de méthodes d'analyse statistique.

Outil dédié à l'évaluation et au benchmarking des méthodes de détection des changements de pression sélective dans des jeux de données biologiques ou génomiques. Il permet de comparer objectivement les performances de différents algorithmes et approches statistiques pour identifier des variations évolutives dans des séquences génétiques ou des données phénotypiques.

Ce projet est un workflow Snakemake dédié à l'analyse phylogénétique de familles de gènes. Il permet de construire des profils HMM (Hidden Markov Models) à partir d'alignements de séquences protéiques, de rechercher ces profils dans des protéomes, et de reconstruire des arbres phylogénétiques pour étudier les relations évolutives entre espèces. Les résultats incluent des alignements multiples, des arbres phylogénétiques et des statistiques associées, facilitant la comparaison des génomes et l'identification de gènes d'intérêt.

BAMUtils est une suite d'outils dédiée à l'analyse de données métagénomiques. Elle permet de filtrer des séquences génomiques à partir de fichiers BAM en fonction de critères de qualité et de couverture. Le projet génère également des statistiques précises sur la profondeur et l'étendue de la couverture des échantillons, essentielles pour des études génomiques ou métagénomiques.

Ce projet fournit des wrappers pour Snakemake, un outil d'automatisation des workflows bioinformatiques. Il facilite le traitement et l'analyse de données de séquençage haut débit en standardisant les pipelines. Les wrappers permettent d'intégrer facilement des étapes comme le mappage sur un génome, le comptage de lectures ou la génération de statistiques. Le tout est conçu pour être réutilisable et modulaire, améliorant ainsi la reproductibilité et l'efficacité des analyses génomiques.