Ce projet automatise le traitement et la transformation de données médicales en utilisant le standard FHIR (Fast Healthcare Interoperability Resources). Il permet d'intégrer, normaliser et valider des données de santé issues de différentes sources pour les rendre exploitables dans des systèmes d'information médicaux. Le pipeline gère l'extraction, le nettoyage, le stockage et la mise à disposition des données via une API FHIR, facilitant ainsi l'interopérabilité entre systèmes de santé.

Outil dédié à l'extraction et à la conversion de données protéiques issues de fichiers XML au format Uniprot. Il permet de générer des fichiers FASTA à partir de listes d'IDs d'accession ou d'extraire des séquences XML depuis des fichiers FASTA. Compatible avec les systèmes d'exploitation courants, il facilite le traitement et l'analyse de données biologiques pour les chercheurs et les laboratoires.

Seqtk est un outil léger et rapide pour le traitement de séquences biologiques au format FASTA ou FASTQ. Il prend en charge la lecture des deux formats de fichiers, qui peuvent être compressés avec gzip. Il est utilisé dans l'analyse de données biologiques, telles que l'alignement de séquences, le filtrage de données, etc.

Ce projet automatise le traitement de fichiers génomiques en découpant des séquences FASTA et en exécutant des requêtes BLAST en parallèle. Il permet d'optimiser les analyses génomiques en réduisant le temps de calcul grâce à une parallélisation efficace sur des infrastructures de calcul haute performance comme SLURM. Destiné aux chercheurs et laboratoires en biologie moléculaire, il facilite l'exploration de grandes bases de données génétiques.

Gfatools est un ensemble d'outils dédiés à la manipulation de graphes de séquences au format GFA ou rGFA. Il permet de parser ces fichiers, d'extraire des sous-graphes et de convertir les données vers des formats comme FASTA ou BED. Ces fonctionnalités facilitent l'analyse et le traitement des données génomiques pour les chercheurs et bioinformaticiens.

GRAAL est une bibliothèque C++ en en-tête unique conçue pour manipuler des banques génomiques et des modèles de k-mers. Elle permet de créer, stocker et analyser des séquences ADN à partir de fichiers FASTA ou FASTQ, avec des fonctionnalités avancées comme l'encodage compact de l'ADN et la gestion de collections de banques. Utilisée pour des analyses génomiques, elle facilite le traitement de grandes quantités de données biologiques.

SeqKit est un outil bioinformatique multiplateforme et ultra-rapide conçu pour manipuler des fichiers de séquences biologiques au format FASTA ou FASTQ. Il permet d'effectuer des opérations courantes comme le filtrage, le tri, la conversion ou l'extraction de séquences, facilitant ainsi l'analyse et le traitement de données génomiques à grande échelle.

Ce projet permet de traiter des données génomiques pour filtrer et assembler des séquences virales, notamment celles du SARS-CoV-2. Il automatise le filtrage des lectures génomiques et l'assemblage de génomes à partir de fichiers FASTQ et FASTA, facilitant ainsi l'analyse bioinformatique des données génomiques.

Ce projet est un wrapper pour les bibliothèques FLANN (Fast Library for Approximate Nearest Neighbors), conçu pour simplifier leur intégration et leur utilisation dans d'autres applications. Il permet d'accélérer les recherches de correspondances approximatives dans des ensembles de données complexes, notamment pour des applications en robotique, vision par ordinateur ou traitement d'images. Le wrapper est développé dans un cadre de recherche publique (CNRS/LIRMM) et distribué sous licence CeCILL-C.

Outil dédié à l'extrapolation et à l'analyse de matrices de données, permettant de traiter des séries temporelles pour en déduire des tendances ou des valeurs futures. Utilisé pour optimiser la gestion de la mémoire et accélérer les calculs dans des environnements nécessitant une forte puissance analytique.