Annuaire des initiatives
Pertinence
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- Ce workflow Snakemake automatise la conversion de fichiers fastq en fichiers VCF pour l'analyse de données génomiques à faible couverture. Il est conçu pour simuler des populations biparentales et a été utilisé dans le cadre du projet ANR RecombinationLandscape. Le pipeline intègre des outils spécialisés pour traiter des données de séquençage NGS et produire des résultats exploitables pour des recherches en génétique.
- NOISYmputer est un outil spécialisé dans le traitement de données génomiques de type LC-NGS. Il permet d'imputer les données manquantes, de corriger les erreurs et de typer précisément les régions chromosomiques hétérozygotes. Basé sur des estimations de maximum de vraisemblance, il identifie également les points de recombinaison génétique, éliminant ainsi le besoin de pré-filtrage complexe des données bruitées.
- Le projet narabizi-treebank vise à constituer une base de données lexicale et grammaticale du ngbaka ma'bo, une langue bantoue parlée en République Centrafricaine. Ce travail comprend la collecte et le traitement de données linguistiques, l'analyse grammaticale, et le développement d'outils de traitement automatique des langues pour faciliter l'étude et l'enseignement de cette langue.
- Notoriété 16 %NG6 est un système d'information convivial conçu pour gérer de grands ensembles de données de séquençage. Il propose des pipelines adaptés à différents formats d'entrée (sff, fastq) et types de séquenceurs (Roche 454, Illumina HiSeq, ABI Solid). Le système permet d'effectuer des analyses variées comme le contrôle qualité, la découverte de variations, l'analyse RNAseq ou les études de diversité. Il offre également un site web sécurisé pour consulter les résultats, télécharger les données brutes et traitées, et visualiser les statistiques des analyses.
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