Ce workflow Snakemake automatise la conversion de fichiers fastq en fichiers VCF pour l'analyse de données génomiques à faible couverture. Il est conçu pour simuler des populations biparentales et a été utilisé dans le cadre du projet ANR RecombinationLandscape. Le pipeline intègre des outils spécialisés pour traiter des données de séquençage NGS et produire des résultats exploitables pour des recherches en génétique.

NG6 est un système d'information convivial conçu pour gérer de grands ensembles de données de séquençage. Il propose des pipelines adaptés à différents formats d'entrée (sff, fastq) et types de séquenceurs (Roche 454, Illumina HiSeq, ABI Solid). Le système permet d'effectuer des analyses variées comme le contrôle qualité, la découverte de variations, l'analyse RNAseq ou les études de diversité. Il offre également un site web sécurisé pour consulter les résultats, télécharger les données brutes et traitées, et visualiser les statistiques des analyses.