JavaCL for Icy est un plugin dédié à l'analyse d'images biologiques, développé pour la plateforme Icy. Il permet d'exploiter les capacités de calcul des GPU via OpenCL directement depuis Icy, améliorant ainsi les performances des algorithmes de traitement d'images. Ce plugin est particulièrement utile pour les chercheurs en biologie qui ont besoin de traiter rapidement de grandes quantités d'images, comme des séquences de microscopie ou des jeux de données volumineux. Il s'intègre parfaitement dans l'écosystème Icy, un logiciel open source largement utilisé en bioimagerie.

Ce projet centralise des outils open source dédiés à l'analyse d'images biologiques et microscopiques. Il propose des plugins et logiciels spécialisés pour faciliter le traitement, la visualisation et l'interprétation de données issues de microscopes. Développé par des instituts de recherche publics, il vise à standardiser et démocratiser l'accès à des méthodes avancées d'imagerie cellulaire et moléculaire.

Outil dédié à l'analyse et à la visualisation de plaques multipuits issues de microscopes à haute contenance, comme ceux de la marque Opera. Ce plugin pour le logiciel Icy permet aux chercheurs en biologie d'importer, d'explorer et de traiter des images de plaques de culture cellulaire ou de microplaques. Il facilite l'interprétation des données de microscopie en offrant une interface interactive pour naviguer entre les puits et les champs d'observation, ainsi que des fonctionnalités de traitement automatisé pour des analyses à grande échelle.

Ce projet fournit un support prêt à l'emploi pour réaliser des expériences de spectroscopie temporelle dans le cadre de la microscopie à balayage. Il permet d'intégrer un paramètre variable (comme un délai temporel) lors de l'acquisition d'images 3D, en synchronisant des signaux RF avec le temps d'intégration de chaque pixel. L'interface utilisateur simplifiée facilite la configuration et l'acquisition des données, tandis que des outils de traitement (comme la transformée de Fourier) permettent une analyse en temps réel.

Outil dédié à la conversion, l'analyse et la segmentation de données microscopiques au format ND2. Permet de transformer des images brutes en fichiers TIFF optimisés pour l'analyse scientifique. Offre des fonctionnalités avancées de traitement d'images pour l'étude d'organoïdes et de cellules, ainsi que des outils d'extraction de métriques quantitatives pour la recherche biomédicale.

ROI blocks est un plugin pour le logiciel d'analyse d'images biologiques Icy, développé par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur. Il permet aux chercheurs et biologistes de manipuler, analyser et extraire des données à partir de régions d'intérêt (ROI) dans des images microscopiques. Le plugin facilite la création de workflows automatisés pour le traitement d'images, améliorant ainsi l'efficacité et la reproductibilité des analyses bioimage.

Logiciel dédié à l'analyse et au traitement des données issues des expériences menées sur la ligne ID01 de l'ESRF (European Synchrotron Radiation Facility). Il permet aux chercheurs de visualiser, analyser et interpréter des images et des spectres obtenus lors d'expériences de diffraction et de microscopie. L'outil facilite l'alignement des scans, l'inspection des fichiers de données et la génération de rapports pour les publications scientifiques.

Darfix est une bibliothèque Python dédiée à l'analyse de données issues de la microscopie à champ sombre. Elle propose des techniques avancées de vision par ordinateur pour traiter et interpréter ces données. Le projet inclut également une interface graphique et un module complémentaire pour Orange3, permettant aux utilisateurs de concevoir des workflows analytiques de manière intuitive. Destiné principalement aux chercheurs et scientifiques, il facilite l'extraction d'informations pertinentes à partir d'images complexes.

Ce projet est une bibliothèque Python dédiée à l'analyse et au traitement des données issues de la microscopie par diffraction X (SXDM) collectées sur la ligne de lumière ID01 de l'ESRF. Il permet aux chercheurs en physique et science des matériaux de visualiser, analyser et interpréter des jeux de données complexes issus d'expériences avancées, facilitant ainsi la compréhension des propriétés structurales des matériaux à l'échelle nanométrique.

Plugin pour le logiciel Icy dédié à l'analyse d'images biologiques. Il permet de générer automatiquement plusieurs sous-images (crops) de taille fixe à partir d'une séquence d'images donnée. Utilisé par des chercheurs et biologistes pour extraire des régions d'intérêt aléatoires, facilitant ainsi l'analyse et le traitement automatisé des images microscopiques.