Outil dédié à la simplification et à l'analyse des données de séquençage génomique. Il permet de réduire les reads d'un fichier BAM à leur extrémité 5' pour faciliter leur traitement et leur interprétation. Utilisé principalement dans les pipelines d'analyse bioinformatique, il optimise la gestion des données massives issues des technologies de séquençage haut débit.

Libhts est une bibliothèque Python et un ensemble d'outils dédiés au traitement et à l'analyse de données issues du séquençage haut débit. Elle permet aux chercheurs et bioinformaticiens de manipuler, convertir et visualiser des données génomiques complexes comme les fichiers BAM ou BigWig. L'outil facilite l'extraction de régions spécifiques, la génération de visualisations graphiques et l'automatisation de workflows pour des analyses génomiques avancées.

Outil d'alignement et d'analyse de données RNAseq (notamment SMART-Seq2) pour la génomique. Ce pipeline automatise le traitement des fichiers FASTQ en les alignant sur un génome de référence avec Hisat2, puis en comptant les transcrits avec htseq-count. Il génère des fichiers BAM, des tableaux de comptage bruts et normalisés, ainsi que des données prêtes pour des analyses différentielles avec DESeq2.

Libbamutils est une bibliothèque logicielle conçue pour faciliter la manipulation et l'analyse des fichiers BAM, un format standard en bioinformatique pour stocker des données de séquençage génomique. Elle propose des utilitaires pour traiter, convertir et optimiser ces fichiers, permettant aux chercheurs et aux laboratoires de gagner du temps dans leurs analyses génomiques. Ce projet s'inscrit dans le domaine de la génomique et de la biologie computationnelle.

Projet d'exemple illustrant l'utilisation de Snakemake pour automatiser des pipelines de bioinformatique. Il permet de traiter des fichiers BAM et d'appeler des variants génétiques à l'aide de GATK. Le workflow est configuré via un fichier JSON et exécuté en parallèle pour optimiser les performances.

Samtools est un ensemble d'outils conçus pour gérer et analyser les fichiers SAM, BAM et CRAM, largement utilisés dans le traitement des données de séquençage génomique. Il permet de visualiser, filtrer et trier ces données, ainsi que de réaliser différents types de calculs et de comparaisons.