Outil dédié à l'extraction et à la conversion de données protéiques issues de fichiers XML au format Uniprot. Il permet de générer des fichiers FASTA à partir de listes d'IDs d'accession ou d'extraire des séquences XML depuis des fichiers FASTA. Compatible avec les systèmes d'exploitation courants, il facilite le traitement et l'analyse de données biologiques pour les chercheurs et les laboratoires.

Ce projet automatise le traitement de fichiers génomiques en découpant des séquences FASTA et en exécutant des requêtes BLAST en parallèle. Il permet d'optimiser les analyses génomiques en réduisant le temps de calcul grâce à une parallélisation efficace sur des infrastructures de calcul haute performance comme SLURM. Destiné aux chercheurs et laboratoires en biologie moléculaire, il facilite l'exploration de grandes bases de données génétiques.

Seqtk est un outil léger et rapide pour le traitement de séquences biologiques au format FASTA ou FASTQ. Il prend en charge la lecture des deux formats de fichiers, qui peuvent être compressés avec gzip. Il est utilisé dans l'analyse de données biologiques, telles que l'alignement de séquences, le filtrage de données, etc.

GRAAL est une bibliothèque C++ en en-tête unique conçue pour manipuler des banques génomiques et des modèles de k-mers. Elle permet de créer, stocker et analyser des séquences ADN à partir de fichiers FASTA ou FASTQ, avec des fonctionnalités avancées comme l'encodage compact de l'ADN et la gestion de collections de banques. Utilisée pour des analyses génomiques, elle facilite le traitement de grandes quantités de données biologiques.

SeqKit est un outil bioinformatique multiplateforme et ultra-rapide conçu pour manipuler des fichiers de séquences biologiques au format FASTA ou FASTQ. Il permet d'effectuer des opérations courantes comme le filtrage, le tri, la conversion ou l'extraction de séquences, facilitant ainsi l'analyse et le traitement de données génomiques à grande échelle.

Gfatools est un ensemble d'outils dédiés à la manipulation de graphes de séquences au format GFA ou rGFA. Il permet de parser ces fichiers, d'extraire des sous-graphes et de convertir les données vers des formats comme FASTA ou BED. Ces fonctionnalités facilitent l'analyse et le traitement des données génomiques pour les chercheurs et bioinformaticiens.

Ce projet permet de traiter des données génomiques pour filtrer et assembler des séquences virales, notamment celles du SARS-CoV-2. Il automatise le filtrage des lectures génomiques et l'assemblage de génomes à partir de fichiers FASTQ et FASTA, facilitant ainsi l'analyse bioinformatique des données génomiques.

Outil conçu pour traiter et qualifier les résultats de scans de sécurité générés par FastFind. Il permet d'analyser des archives contenant des fichiers suspects, d'identifier les correspondances avec des listes de référence (hashes ou noms de fichiers), et de générer des rapports détaillés pour faciliter l'investigation numérique. Utilisé principalement dans le cadre de la réponse aux incidents de sécurité ou de l'audit forensique.

Nf-ribolace est un pipeline bioinformatique conçu pour analyser les données de profilage ribosomique générées avec la technologie RiboLace. Il permet de traiter des fichiers FASTQ issus de séquençage, d'effectuer des étapes de contrôle qualité, de découpage des séquences, d'alignement sur un génome de référence et de déduplication. Le pipeline produit un rapport de qualité complet pour évaluer la qualité des données à chaque étape du traitement.

Outil bioinformatique dédié à l'identification et à l'analyse des intégrons dans le génome des procaryotes. Il permet de traiter des données de séquençage (fichiers FASTQ) pour détecter des cassettes d'intégrons et générer des rapports détaillés incluant des figures et des statistiques. Utilisé principalement dans le cadre de recherches en microbiologie et génétique.