Application logicielle dédiée aux biologistes pour explorer et analyser des génomes, transcriptomes et banques de protéines. Permet d'appliquer des filtres et transformations sur les séquences biologiques, de sauvegarder les recherches au format FASTA, et de faciliter l'étude des données biologiques complexes.

Bibliothèque de fonctions dédiée à la conversion de fichiers structurés (OBO, TSV, etc.) en données au format JSON-Graph. Elle permet de transformer des jeux de données biologiques ou génomiques en graphes pour une visualisation et une analyse simplifiées. Intégrée aux outils de la plateforme codev4graph, elle facilite l'étude des relations entre entités biologiques comme les gènes ou les protéines.

Ce projet open source propose une solution pour convertir des données au format JSON en un format graphique structuré, facilitant leur visualisation et leur analyse. Il permet notamment de transformer des données issues de bases de données biologiques ou de réseaux métaboliques en graphes compréhensibles, utiles pour la recherche en bioinformatique et en biologie systémique.

Ce projet automatise la récupération, la transformation et l'intégration de données biochimiques issues de bases de données spécialisées (comme KEGG ou BRENDA). Il permet de convertir des fichiers de données métaboliques, enzymatiques ou réactionnelles entre différents formats (ODS, TXT, SBML) et d'enrichir des modèles de voies métaboliques avec des informations thermodynamiques et cinétiques. Les outils développés facilitent l'analyse des réactions biochimiques et l'étude des enzymes pour la recherche en biologie systémique.

Outil permettant de transformer des fichiers SBML (Systems Biology Markup Language) en format JSON compatible avec des outils de visualisation de réseaux métaboliques comme MetExploreViz. Il facilite l'analyse et la représentation graphique des voies métaboliques pour les biologistes et bioinformaticiens, en automatisant la conversion des données et en générant des structures exploitables par des logiciels spécialisés.

Ce projet fournit des outils pour convertir et standardiser les identifiants de gènes du nématode *Caenorhabditis elegans*. Il permet aux chercheurs en biologie de transformer des identifiants entre différents formats (cosmid, nom de gène, identifiant Wormbase) pour faciliter les analyses génomiques et les comparaisons de données. Les scripts et fonctions proposés s'appuient sur des données issues de Wormbase, une base de données de référence en génétique du nématode.

Orthofinder2JSON-Graph est un outil spécialisé dans la conversion des résultats d'Orthofinder au format JSON, optimisé pour une visualisation sous forme de graphes. Il transforme les données d'orthologie en structures accessibles, facilitant ainsi l'interprétation des relations entre protéines et espèces. Ce projet s'adresse principalement aux chercheurs en bioinformatique et en biologie évolutive souhaitant analyser et visualiser des ensembles de gènes orthologues.