Outil dédié à la simplification et à l'analyse des données de séquençage génomique. Il permet de réduire les reads d'un fichier BAM à leur extrémité 5' pour faciliter leur traitement et leur interprétation. Utilisé principalement dans les pipelines d'analyse bioinformatique, il optimise la gestion des données massives issues des technologies de séquençage haut débit.

Le projet CIBIG-WAVE Data stocke et organise les fichiers de données d'entrée utilisés dans les modules de formation du programme International Certificate in Bioinformatics and Genomics (CIBiG). Ce programme propose une formation intensive destinée aux doctorants et chercheurs utilisant des technologies de séquençage. Les données sont structurées pour soutenir l'analyse de séquençage avec un focus sur les applications en agriculture et santé, en collaboration avec des centres d'excellence régionaux.

Canu est un logiciel de bioinformatique open-source utilisé pour l'assemblage de génomes à partir de données de séquençage à haut débit, en particulier pour les données de séquençage à longues lectures produites par des technologies telles que PacBio et Oxford Nanopore. Il s'agit d'une fourche du Celera Assembler, optimisé pour gérer les hauts niveaux de bruit associés à ces technologies.

Ce projet vise à comparer sept plateformes de séquençage, couvrant les technologies de deuxième génération à lecture courte (Illumina Hiseq300, DNBSEQ-G400, DNBSEQ-T7, Ion S5 et Ion Proton P1) et de troisième génération à lecture longue (Oxford Nanopore Technologies MinION et Pacific Biosciences PacBio). Trois communautés microbiennes synthétiques composées de jusqu'à 87 espèces microbiennes par mock et couvrant 29 phyla ont été utilisées pour l'évaluation. Les outils tels que fastp, AlienTrimmer, bowtie2, minimap2, SPAdes, metaFlye, metaquast et Python3 ont été utilisés pour le traitement et l'analyse des données.

Module de formation R destiné aux chercheurs et doctorants participant au Certificat International en Bioinformatique et Génomique (CIBiG). Ce programme intensif couvre l'utilisation des technologies de séquençage et l'analyse de données biologiques, avec un accent sur les outils et méthodes en R. Il s'adresse aux professionnels de la recherche souhaitant approfondir leurs compétences en bioinformatique.

Nanofilt est un outil bioinformatique conçu pour filtrer et tronquer des données de séquençage issues de la technologie Oxford Nanopore. Il permet d'éliminer les séquences de mauvaise qualité ou indésirables, facilitant ainsi l'analyse ultérieure des données génomiques. Utilisé principalement en recherche biomédicale et en génomique, il optimise les données brutes pour des traitements plus précis et fiables.