Le Genome Analysis Toolkit (GATK) est un ensemble d'outils en ligne de commande permettant d'analyser des données de séquençage haut débit, avec un accent particulier sur la découverte de variations. Les outils peuvent être utilisés individuellement ou enchaînés dans des workflows complets. Ce dépôt contient une version spécifique de GATK (4.1.4.1) installée dans un environnement Miniconda3 et empaquetée dans un conteneur Singularity.

Eno-CLI est un outil en ligne de commande permettant de faciliter l'utilisation de l'outil Eno en proposant des commandes de génération de fichiers.

Le Decoupator est un outil en ligne de commande permettant de découper des images contenant du texte en plusieurs parties, chacune correspondant à un bloc de texte. Il utilise des algorithmes de traitement d'images et de reconnaissance optique de caractères pour détecter les contours des blocs de texte et en extraire le contenu.

Le package gatk4 version 4.1.9.0 est un ensemble d'outils en ligne de commande pour l'analyse de données de séquençage haut débit, avec un accent particulier sur la découverte de variantes. Les outils peuvent être utilisés individuellement ou enchaînés dans des workflows complets. L'installation du package est effectuée via Miniconda3 V4.7.12, et les exécutables sont disponibles dans /opt/miniconda/bin et dans le PATH. Un conteneur Singularity est également disponible pour faciliter le déploiement et l'exécution de l'outil.

Le projet decembergroove consiste en des expériences de transcription de fichiers MIDI en partitions de batterie, en utilisant le jeu de données Groove MIDI v.1.0.0. Il inclut des outils en ligne de commande pour la transcription, ainsi que des scripts Python pour la transcription par lots. Les résultats de la transcription sont stockés dans des répertoires dédiés, contenant les fichiers MIDI originaux, les partitions de batterie au format MEI, ainsi que des fichiers SVG et PDF générés à partir de ces partitions.

MolPred est un framework basé sur Hydronaut pour la construction de prédicteurs de caractéristiques moléculaires à l'aide de Chemfeat. Il offre les avantages de l'un et de l'autre, ainsi que plusieurs autres avantages : tous les hyperparamètres sont gérés via des fichiers de configuration YAML, y compris la sélection de modèles, ensembles de fonctionnalités moléculaires et métriques, avec un support complet pour les surcharges en ligne de commande. Les hyperparamètres peuvent être explorés à l'aide de balayages systématiques ou d'algorithmes d'optimisation. L'optimisation peut être suivie en temps réel avec Optuna Dashboard lors de l'utilisation du plugin Hydra's Optuna sweeper. Tous les paramètres, métriques, modèles et autres artefacts sont suivis avec MLflow. Les tests et les prédictions peuvent être effectués en récupérant des modèles et des configurations d'ensembles de fonctionnalités à partir de runs MLflow précédents. Les modèles peuvent être facilement ajoutés en enregistrant des sous-classes d'une classe fournie. Les classes enregistrées peuvent être sélectionnées par nom à partir du fichier de configuration. De nouvelles calculateurs d'ensembles de fonctionnalités chimiques/moléculaires peuvent être ajoutés et enregistrés via des sous-classes simples. Les calculs de fonctionnalités sont mis en cache dans une base de données locale pour éviter les calculs redondants.

XMLify est un outil permettant de convertir des données CSV en fichiers XML TEI, Nakala ou Sitemap. Il peut être utilisé en ligne de commande, en tant que script Python autonome ou avec une interface graphique. XMLify requiert des modèles d'en-tête et de mappage pour savoir comment mapper les colonnes du fichier CSV aux champs XML. Il peut générer un fichier XML différent pour chaque ligne du fichier CSV d'entrée ou tout regrouper dans un seul fichier de sortie.

Poky est un système de construction et d'environnement de développement intégré permettant de créer des images personnalisées pour systèmes embarqués. Il supporte la construction d'images pour différentes architectures, avec des démos utilisant une interface X11/Matchbox/GTK appelée Sato. Le système permet le développement croisé d'applications pour différentes architectures, avec des outils en ligne de commande et une intégration avec des IDE.

Le projet c_machine_state_generator est un outil en ligne de commande permettant de générer du code source pour les états des machines et des modèles de code pour les fonctions utilisateur. Il prend en entrée une description de l'état de la machine dans un fichier YAML et génère le code source correspondant dans un répertoire de sortie. Il permet également de visualiser l'état de la machine sous forme de graphe dans un navigateur web.

Csv-detective-ml est un outil en ligne de commande permettant d'analyser des fichiers CSV et de détecter automatiquement les types de données contenus dans chaque colonne. Cet outil est basé sur des algorithmes de machine learning et permet de nettoyer et de préparer rapidement des données en vue de leur utilisation dans des analyses ou des modèles prédictifs.