Orthoviewer est un plugin open source intégré au logiciel Icy, dédié à la visualisation et à l'analyse de données 3D en imagerie biologique. Il permet aux chercheurs et scientifiques d'explorer simultanément des données en trois orientations (XY, YZ, XZ) pour une analyse précise et détaillée. Développé par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur, ce outil facilite la compréhension des structures cellulaires et moléculaires, soutenant ainsi la recherche fondamentale et appliquée en biologie.

Extension dédiée à la création, la manipulation et l'analyse de régions d'intérêt (ROI) en 3D pour l'imagerie biologique. Elle permet aux chercheurs et biologistes de définir des zones spécifiques sur des maillages polygonaux ou polyédriques, d'extraire des masques binaires, et de visualiser des données médicales complexes. Intégrée à Icy, elle facilite l'analyse quantitative et qualitative des images 3D dans un contexte de recherche biomédicale.

Java3D for Icy est un plugin dédié à l'analyse d'images biologiques, développé pour le logiciel Icy. Il permet d'ajouter des fonctionnalités de visualisation 3D avancées aux images issues de la microscopie ou d'autres techniques d'imagerie biomédicale. Ce plugin facilite l'exploration et l'interprétation des données complexes en offrant des outils adaptés aux besoins des chercheurs en biologie et en imagerie médicale.

Extension dédiée à la création, l'édition et l'analyse de régions d'intérêt (ROI) en trois dimensions pour l'imagerie biologique. Elle permet aux chercheurs de manipuler des maillages polygonaux (surfaces) et polyédriques (volumes) pour segmenter, analyser et visualiser des structures biologiques complexes dans des images 3D. Intégrée à la plateforme Icy, elle facilite l'extraction de masques binaires et l'export de données pour des analyses quantitatives avancées.

Convexify est un plugin pour le logiciel d'analyse d'images biologiques Icy, développé par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur. Il permet de transformer des régions d'intérêt (ROI) en versions convexes, facilitant ainsi l'analyse et la visualisation des données d'imagerie. Ce plugin est particulièrement utile pour les chercheurs et biologistes travaillant sur des images médicales ou biologiques en 2D ou 3D.

VTK (Visualization Toolkit) est une bibliothèque open source dédiée à la visualisation 3D et au traitement d'images. Elle permet aux chercheurs et ingénieurs de manipuler, analyser et représenter des données complexes issues de simulations scientifiques, d'imagerie médicale ou de modèles géologiques. Intégrée à des logiciels comme Icy, elle facilite l'exploration et l'interprétation des données pour des applications en biologie, géologie ou physique.