Annuaire des initiatives
Pertinence
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- Ce projet vise à promouvoir la recherche reproductible en fournissant des outils et des méthodes pour l'analyse et la visualisation de données dans le domaine de la recherche agronomique et environnementale. Il est basé sur le langage de programmation R et propose une interface interactive pour faciliter l'utilisation des différents outils.
- Ce projet consiste en une collection de notebooks Jupyter, de fichiers R et Python dédiés à l'analyse et à la visualisation des données d'un étude sur les neurones projetant dans le bulbe olfactif de la souris. Le référentiel contient des analyses transcriptomiques standard de neurones projetants, une inférence de réseaux de gènes régulateurs, une analyse de réseaux de gènes régulateurs et une simulation de données unicellulaires à partir de données de séquençage d'ARN en vrac.
- Ce projet fournit un conteneur Singularity pour l'environnement R avec des fonctionnalités avancées telles que l'utilisation de MKL BLAS pour l'accélération des calculs. Il est utilisé comme base pour la construction d'autres conteneurs et peut être utilisé pour l'analyse de données statistiques, la création de modèles prédictifs et la visualisation de données.
- Le package R 'sameStrain' est un outil dédié à l'analyse et à la simulation de données génétiques de bactéries. Il permet de calculer des statistiques sur les données, de simuler des événements de mutation et de recombinaison, et de visualiser les résultats grâce à des graphiques générés avec ggplot2.
- Le projet r-essentials.3.6_conda est une image Singularity contenant une installation de R, un logiciel open-source pour l'analyse statistique et la visualisation de données. Cette image est construite à l'aide de Miniconda3 et peut être utilisée dans un workflow de construction multi-étapes. Elle est équipée d'une variété de packages R préinstallés pour l'analyse de données et la visualisation.
- Le projet bedloadweb est une application R-Shiny dédiée à l'analyse, la visualisation et la simulation de processus géologiques, en particulier le transport sédimentaire dans les lits de rivière. Il offre une interface conviviale pour interagir avec des données complexes et des modèles sophistiqués, permettant aux utilisateurs de mieux comprendre et prédire les phénomènes liés à l'érosion et au dépôt des sédiments.
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