Treediff est un projet dédié à l'analyse de données de séquençage à haut débit, offrant des fonctionnalités d'analyse différentielle d'expression génique et de visualisation de données. Il permet aux chercheurs en biologie de mieux comprendre les mécanismes moléculaires à l'œuvre dans les systèmes biologiques.

Ce projet fournit des solutions aux exercices du cours de python pour biologistes. Il vise à illustrer l'utilisation de la programmation python pour résoudre des problèmes courants en biologie, tels que l'analyse de données, l'automatisation de tâches de laboratoire et la visualisation de données.

Ateliers Codons est une plateforme dédiée à la visualisation et l'analyse de données biologiques. Elle permet aux utilisateurs de proposer des jeux de données pour des défis de visualisation, de partager les résultats de leurs analyses et de collaborer sur des projets de recherche.

Ce projet aide les biologistes à analyser, visualiser et simuler des données biologiques en utilisant le langage de programmation Python.

RattleSNP est un projet dédié à l'analyse de données génomiques, proposant un workflow snakemake pour le mapping de données simples ou appariées. Il offre des fonctionnalités de visualisation de données biologiques grâce à matplotlib et tabulate, ainsi qu'une gestion optimisée des dépendances grâce à biopython, numpy et pandas.

Dépôt de code source pour les tutoriels Jupyter de l'Institut Pasteur. Il s'agit d'une collection de notebooks Python permettant de découvrir et d'approfondir des concepts de programmation, d'analyser et de visualiser des données, ainsi que de modéliser des données biologiques.

CartoBio est une plateforme publique dédiée à la cartographie des parcelles cultivées en agriculture biologique en France. Elle permet aux utilisateurs de visualiser, analyser et exporter des données géographiques fiables sur l'agriculture biologique, afin d'évaluer la qualité de vie, l'évolution des pratiques et la répartition des surfaces certifiées. Soutenue par les ministères de l'Écologie et de l'Agriculture, elle facilite l'accès aux données ouvertes pour les agriculteurs, les organismes de certification et le grand public.

Petri Strategies est un projet dédié à la visualisation et l'analyse de réseaux biologiques. Il permet aux chercheurs en biologie computationnelle de représenter et d'étudier des données complexes, facilitant ainsi la compréhension des processus biologiques.

Le package ViSEAGO est un outil développé en R pour faciliter l'analyse fonctionnelle des gènes en utilisant Gene Ontology (GO). Il permet l'analyse de grands jeux de données et la visualisation des profils GO pour capturer les connaissances biologiques. Il offre une vue synthétique et détaillée en utilisant des fonctionnalités interactives tout en respectant la structure de l'arborescence GO.

Merrin est un outil d'analyse de données biologiques permettant la recherche de motifs dans des séquences et la visualisation de données moléculaires. Il est accessible via Docker et offre une interface conviviale pour les bioinformaticiens et les chercheurs en biologie.