La plateforme Vidjil est composée de deux parties principales : Vidjil-algo et une application web. Vidjil-algo analyse les données de séquençage à haut débit pour extraire les jonctions V(D)J et les regrouper en clones. L'application web permet la visualisation et l'analyse interactive des clones et de leur évolution dans le temps dans un contexte de suivi de la maladie résiduelle minimale ou d'étude immunologique. Elle peut également être liée à une base de données de échantillons, d'expériences et de patients pour le stockage des données et des métadonnées, l'exécution de logiciels RepSeq et la sauvegarde d'annotations directement depuis l'application web.

La plateforme Vidjil est composée de deux parties principales : Vidjil-algo et une application web. Vidjil-algo permet d'extraire des jonctions V(D)J et de les regrouper en clones à partir de données de séquençage à haut débit. L'application web permet la visualisation et l'analyse interactives des clones et de leur suivi dans le temps dans un contexte de suivi de la maladie résiduelle minimale ou d'étude immunologique. Elle peut être liée à une base de données de échantillons, d'expériences et de patients permettant le stockage de données et de métadonnées séquence, l'exécution de logiciels RepSeq et la sauvegarde d'annotations directement depuis l'application web.

Slitherine est un outil bioinformatique conçu pour identifier et analyser les différences significatives entre deux matrices de contact génomique. Il permet de comparer des données issues de séquençage haut débit, comme celles obtenues lors d'expériences de conformation chromosomique, afin de mettre en évidence des variations entre conditions biologiques. L'outil génère des rapports détaillés, des visualisations graphiques et des fichiers de résultats exploitables pour la recherche en génomique.

Outil dédié à l'analyse de données de séquençage ARN à haut débit (RNA-seq) pour identifier les gènes dont l'expression est modifiée entre différentes conditions biologiques. Permet aux chercheurs en biologie computationnelle et en génomique de traiter des tableaux d'expression génique, de générer des visualisations statistiques et de produire des rapports automatisés pour faciliter l'interprétation des résultats expérimentaux.

Outil dédié à l'analyse de données de séquençage ARN (RNA-Seq) pour identifier les gènes dont l'expression varie significativement entre des conditions biologiques. Il génère des rapports détaillés, des visualisations (PCA, heatmaps, volcano plots) et des scores d'activation pour des ensembles de gènes. Permet également l'enrichissement fonctionnel et l'analyse des voies métaboliques via des bases de données spécialisées comme KEGG ou MSigDB.

Projet de stage axé sur l'analyse bioinformatique de données de séquençage haut débit (NGS) pour identifier des variants génétiques associés au syndrome du QT long. Le projet inclut le contrôle qualité des données, l'annotation fonctionnelle des variants, la détection de mutations de novo et mendéliennes, ainsi que l'analyse de variants structuraux (CNV). Les résultats sont visualisés et interprétés pour identifier des gènes candidats potentiellement impliqués dans la pathologie.

Outil de visualisation dédié à l'analyse de données issues du séquençage ARN à haut débit en cellule unique (single-cell RNA-seq). Il permet aux chercheurs en biologie et en cancérologie de visualiser et d'explorer interactivement des résultats complexes, facilitant ainsi l'interprétation des données et la génération d'hypothèses pour des études sur le myélome multiple et d'autres pathologies.

Libhts est une bibliothèque Python et un ensemble d'outils dédiés au traitement et à l'analyse de données issues du séquençage haut débit. Elle permet aux chercheurs et bioinformaticiens de manipuler, convertir et visualiser des données génomiques complexes comme les fichiers BAM ou BigWig. L'outil facilite l'extraction de régions spécifiques, la génération de visualisations graphiques et l'automatisation de workflows pour des analyses génomiques avancées.

Projet dédié à l'analyse et à la visualisation de données de cellules uniques, principalement utilisé en biologie cellulaire et génomique. Il permet aux chercheurs de traiter, interpréter et partager des données complexes issues de séquençage à haut débit. L'outil facilite la compréhension des mécanismes cellulaires et contribue à des avancées scientifiques dans le domaine de la biologie.

Treediff est un projet dédié à l'analyse de données de séquençage à haut débit, offrant des fonctionnalités d'analyse différentielle d'expression génique et de visualisation de données. Il permet aux chercheurs en biologie de mieux comprendre les mécanismes moléculaires à l'œuvre dans les systèmes biologiques.