RQL est un framework et un langage de requête dédié à la découverte de règles dans les bases de données. Il permet aux utilisateurs d'identifier des dépendances fonctionnelles, des règles d'association ou d'autres types de règles entre les données. Le projet propose une interface web pour formuler des requêtes SQL ou RQL et visualiser les règles générées, facilitant ainsi l'analyse et la compréhension des relations au sein des données.

Projet de stage axé sur l'analyse bioinformatique de données de séquençage haut débit (NGS) pour identifier des variants génétiques associés au syndrome du QT long. Le projet inclut le contrôle qualité des données, l'annotation fonctionnelle des variants, la détection de mutations de novo et mendéliennes, ainsi que l'analyse de variants structuraux (CNV). Les résultats sont visualisés et interprétés pour identifier des gènes candidats potentiellement impliqués dans la pathologie.

Deeptools est un outil permettant l'analyse et la visualisation de données génomiques. Il permet la détection de régions fonctionnelles dans le génome et l'intégration de données épigénomiques.

Outil bioinformatique automatisé pour l'analyse de données de séquençage haut débit (CUT&Tag et DAP-Seq). Il permet d'identifier les régions génomiques liées à des protéines spécifiques, d'annoter ces régions, de comparer les profils d'expression entre échantillons et de visualiser les résultats dans des navigateurs génomiques comme IGV. Destiné principalement à la recherche en biologie végétale et génomique fonctionnelle.

Ce projet encadre la gouvernance collective de la plateforme iTowns, un outil open source dédié à la visualisation et l'analyse de données géospatiales 3D. Il établit les valeurs, les structures communautaires et les processus décisionnels pour garantir la pérennité, la transparence et l'inclusivité du projet. Il définit les rôles des contributeurs, des utilisateurs et des comités de pilotage, tout en assurant une gestion ouverte et collaborative des évolutions techniques et fonctionnelles.

GPfunctional est une bibliothèque R dédiée à l'analyse et à la modélisation de données fonctionnelles. Elle permet aux utilisateurs de traiter des séries temporelles ou des courbes pour en extraire des tendances, des motifs ou des anomalies. L'outil facilite la prise de décision basée sur des données complexes en simplifiant leur interprétation et leur visualisation.

Outil dédié à l'analyse de données de séquençage ARN (RNA-Seq) pour identifier les gènes dont l'expression varie significativement entre des conditions biologiques. Il génère des rapports détaillés, des visualisations (PCA, heatmaps, volcano plots) et des scores d'activation pour des ensembles de gènes. Permet également l'enrichissement fonctionnel et l'analyse des voies métaboliques via des bases de données spécialisées comme KEGG ou MSigDB.

Scikit-fda est une bibliothèque Python dédiée à l'analyse de données fonctionnelles (FDA). Elle permet aux chercheurs et data scientists de manipuler, visualiser et modéliser des données sous forme de fonctions continues, comme des courbes ou des signaux. Intégrée à l'écosystème scientifique Python, elle facilite l'application de méthodes statistiques et d'apprentissage automatique adaptées à ce type de données.

Le package ViSEAGO est un outil développé en R pour faciliter l'analyse fonctionnelle des gènes en utilisant Gene Ontology (GO). Il permet l'analyse de grands jeux de données et la visualisation des profils GO pour capturer les connaissances biologiques. Il offre une vue synthétique et détaillée en utilisant des fonctionnalités interactives tout en respectant la structure de l'arborescence GO.

Comete est un projet dédié à la visualisation et au traitement de données numériques. Il permet de créer des graphiques personnalisés et de manipuler des matrices de données. Comete s'appuie sur plusieurs bibliothèques et frameworks pour offrir une expérience riche et fonctionnelle.