Le Bioimaging Desktop est une plateforme dédiée à l'analyse et à la visualisation d'images biologiques et microscopiques. Elle fournit aux chercheurs et scientifiques des outils spécialisés pour manipuler, analyser et interpréter des données d'imagerie issues de divers domaines comme la biologie cellulaire, la pathologie numérique ou la bioinformatique. Intégrée à l'écosystème Biosphère, elle facilite la gestion et le partage de données d'imagerie complexes.

Ce projet centralise des outils open source dédiés à l'analyse d'images biologiques et microscopiques. Il propose des plugins et logiciels spécialisés pour faciliter le traitement, la visualisation et l'interprétation de données issues de microscopes. Développé par des instituts de recherche publics, il vise à standardiser et démocratiser l'accès à des méthodes avancées d'imagerie cellulaire et moléculaire.

Logiciel dédié à l'analyse et au traitement des données issues des expériences menées sur la ligne ID01 de l'ESRF (European Synchrotron Radiation Facility). Il permet aux chercheurs de visualiser, analyser et interpréter des images et des spectres obtenus lors d'expériences de diffraction et de microscopie. L'outil facilite l'alignement des scans, l'inspection des fichiers de données et la génération de rapports pour les publications scientifiques.

Outil dédié à l'analyse et à la reconstruction d'images obtenues par imagerie par rayons X, principalement utilisé dans le cadre de la recherche scientifique. Il permet une visualisation multi-résolution et une optimisation des données pour des applications en science des matériaux et en microscopie. Développé en collaboration avec des institutions académiques et des laboratoires de recherche.

Ce projet est une bibliothèque Python dédiée à l'analyse et au traitement des données issues de la microscopie par diffraction X (SXDM) collectées sur la ligne de lumière ID01 de l'ESRF. Il permet aux chercheurs en physique et science des matériaux de visualiser, analyser et interpréter des jeux de données complexes issus d'expériences avancées, facilitant ainsi la compréhension des propriétés structurales des matériaux à l'échelle nanométrique.

Java3D for Icy est un plugin dédié à l'analyse d'images biologiques, développé pour le logiciel Icy. Il permet d'ajouter des fonctionnalités de visualisation 3D avancées aux images issues de la microscopie ou d'autres techniques d'imagerie biomédicale. Ce plugin facilite l'exploration et l'interprétation des données complexes en offrant des outils adaptés aux besoins des chercheurs en biologie et en imagerie médicale.

Extension logicielle conçue pour enrichir les fonctionnalités du logiciel Icy, dédié à l'analyse d'images biologiques. Elle permet aux chercheurs et biologistes d'étendre les capacités de traitement et de visualisation des images microscopiques, facilitant ainsi l'analyse avancée des données bioimage dans un cadre académique ou industriel.

Montage 2D est un plugin pour le logiciel d'analyse bioimage Icy, développé par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur. Il permet aux chercheurs et biologistes de créer des montages d'images 2D à partir de données microscopiques, facilitant ainsi l'analyse et la visualisation de leurs échantillons biologiques. Le plugin s'intègre directement dans l'écosystème Icy, offrant une solution open source et collaborative pour la recherche en imagerie médicale.

Outil dédié à l'analyse et à la visualisation de plaques multipuits issues de microscopes à haute contenance, comme ceux de la marque Opera. Ce plugin pour le logiciel Icy permet aux chercheurs en biologie d'importer, d'explorer et de traiter des images de plaques de culture cellulaire ou de microplaques. Il facilite l'interprétation des données de microscopie en offrant une interface interactive pour naviguer entre les puits et les champs d'observation, ainsi que des fonctionnalités de traitement automatisé pour des analyses à grande échelle.

4polarSTORM est un logiciel dédié à l'analyse et à la visualisation de l'orientation moléculaire dans l'imagerie polarisée STORM super-résolution. Il permet d'estimer et de représenter graphiquement l'organisation des filaments d'actine dans les cellules, en utilisant des données de microscopie à super-résolution. L'outil génère des représentations visuelles sous forme de bâtonnets colorés, superposés à des images de super-résolution, facilitant l'interprétation des résultats pour les chercheurs en biologie cellulaire.