Decomics est une application interactive dédiée à l'analyse et à la déconvolution de données omics (transcriptomique, métabolomique, etc.). Elle permet aux chercheurs et biologistes de décomposer des échantillons complexes en sous-populations cellulaires ou moléculaires, facilitant ainsi l'interprétation des résultats expérimentaux. L'outil propose des méthodes non supervisées et des visualisations dynamiques pour explorer les données biologiques.

Extension pour le logiciel d'analyse d'images biologiques Icy, développée par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur. Cet outil permet de générer une vidéo montrant une rotation à 360 degrés d'un volume 3D visualisé dans un visualiseur VTK. Il facilite la documentation visuelle et l'analyse dynamique de données biologiques ou médicales, notamment pour des publications scientifiques ou des présentations.

Ce projet est un plugin pour le logiciel d'analyse d'images biologiques Icy, développé par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur. Il permet de générer des animations 3D à partir de jeux de données, en utilisant des points de caméra interpolés pour des visualisations dynamiques et précises. Idéal pour les chercheurs en biologie souhaitant illustrer des phénomènes ou des structures en mouvement.

Plugin pour le logiciel d'analyse d'images biologiques Icy, conçu pour traiter et analyser les trajectoires d'objets dans des séquences d'images microscopiques. Il permet de détecter, comparer et visualiser des mouvements cellulaires ou moléculaires, facilitant ainsi l'étude des dynamiques biologiques. Utilisé principalement en recherche biomédicale et en biologie cellulaire.

MorphoNet est une plateforme web dédiée à la visualisation et à l'interaction avec des jeux de données morphodynamiques complexes. Elle permet aux chercheurs et aux enseignants d'explorer, d'analyser et de partager des données issues de la recherche en biologie, notamment dans des domaines comme la morphologie ou la dynamique des tissus. L'outil facilite la compréhension des phénomènes biologiques grâce à une interface intuitive et des fonctionnalités interactives.

Outil dédié à la création de kymographes pour analyser les mouvements de régions d'intérêt dans des séquences d'images, notamment dans le cadre de l'étude du développement biologique. Il permet de tracer des rectangles sur des images ou vidéos, puis de générer une représentation graphique de l'évolution temporelle de l'intensité lumineuse le long d'un axe. Utilisé principalement en recherche biomédicale pour visualiser des dynamiques cellulaires ou moléculaires.

Getwatchan est un outil logiciel conçu pour identifier et analyser les canaux d'eau dans les simulations moléculaires dynamiques explicites. Il permet aux chercheurs en biologie structurale ou en bioinformatique d'isoler et de visualiser les chemins potentiels empruntés par les molécules d'eau au sein de structures protéiques. L'outil génère des fichiers de sortie exploitables pour étudier la dynamique des canaux hydriques, essentiels à la compréhension des mécanismes de transport dans les macromolécules biologiques.

Outil dédié à l'interface et à la visualisation de données issues de l'analyse monocellulaire et des outils Cole Trapnell's Monocle. Permet aux chercheurs et biologistes d'explorer, comparer et interpréter des données d'expression génique à l'échelle cellulaire pour mieux comprendre les dynamiques biologiques et les trajectoires cellulaires.

Outil dédié à l'extraction et à l'analyse de données biologiques issues de sources variées comme GBIF ou TaxRef. Il permet de scraper des occurrences d'espèces, de gérer des médias associés et de générer des visualisations dynamiques. Idéal pour les chercheurs ou institutions souhaitant exploiter des données taxonomiques pour des études environnementales ou scientifiques.

Getwatchan est un outil open source dédié à l'analyse des trajectoires de simulations moléculaires explicites. Il permet d'identifier et d'isoler les canaux d'eau potentiels au sein de protéines à partir de données de dynamique moléculaire. L'outil génère des visualisations 3D des canaux détectés et facilite l'étude des propriétés structurales des protéines en solution. Il est particulièrement utile pour les chercheurs en biologie structurale et en bioinformatique.