Rsamtools_graph est un projet dédié à l'analyse et la visualisation de données génomiques. Il permet d'étudier les interactions entre gènes et de détecter des variations structurales dans les génomes.

Outil spécialisé dans la conversion de fichiers OBO (Ontology-Based Objects) au format JSON pour faciliter leur visualisation sous forme de graphes. Il permet d'extraire des sous-ensembles d'ontologies selon des critères spécifiques, comme des noms d'espaces de noms, et s'intègre facilement avec des outils dédiés à l'analyse de données biologiques ou génomiques.

Outil dédié à la construction, l'annotation et la visualisation de graphes de séquences génomiques ou transcriptomiques. Permet aux chercheurs et biologistes de manipuler des données complexes sous forme de graphes, d'appliquer des filtres et des actions pour extraire des informations pertinentes, et de sauvegarder des états de visualisation pour une analyse collaborative ou répétée.

Bibliothèque de fonctions dédiée à la conversion de fichiers structurés (OBO, TSV, etc.) en données au format JSON-Graph. Elle permet de transformer des jeux de données biologiques ou génomiques en graphes pour une visualisation et une analyse simplifiées. Intégrée aux outils de la plateforme codev4graph, elle facilite l'étude des relations entre entités biologiques comme les gènes ou les protéines.

Pggb est un pipeline de construction de graphes pangénomiques qui transforme des collections de séquences génomiques en graphes de pangenome. Il permet de modéliser les variations génétiques entre individus, facilitant ainsi l'analyse comparative et la visualisation des données génomiques. Utilisé principalement en bioinformatique, il aide les chercheurs à comprendre les structures génomiques complexes et à identifier des variations pertinentes pour des applications médicales ou agronomiques.

Outil de simulation et d'analyse pour générer des graphes de pangénomes à partir de simulations coalescentes. Permet de modéliser des variations génomiques complexes, d'appliquer des mutations et de visualiser les résultats sous forme de graphes. Utilisé principalement en recherche génomique pour étudier les structures génétiques et les évolutions des populations.

Slitherine est un outil bioinformatique conçu pour identifier et analyser les différences significatives entre deux matrices de contact génomique. Il permet de comparer des données issues de séquençage haut débit, comme celles obtenues lors d'expériences de conformation chromosomique, afin de mettre en évidence des variations entre conditions biologiques. L'outil génère des rapports détaillés, des visualisations graphiques et des fichiers de résultats exploitables pour la recherche en génomique.

Libhts est une bibliothèque Python et un ensemble d'outils dédiés au traitement et à l'analyse de données issues du séquençage haut débit. Elle permet aux chercheurs et bioinformaticiens de manipuler, convertir et visualiser des données génomiques complexes comme les fichiers BAM ou BigWig. L'outil facilite l'extraction de régions spécifiques, la génération de visualisations graphiques et l'automatisation de workflows pour des analyses génomiques avancées.

Ce projet permet la détection de variations génétiques et l'analyse de données génomiques grâce à des méthodes statistiques. Il propose également une visualisation claire des résultats grâce à des graphiques et des représentations adaptées.

Slitherine est un outil bioinformatique conçu pour identifier et analyser les différences significatives entre deux matrices de contact génomique. Il permet aux chercheurs en biologie moléculaire de comparer des données expérimentales, comme celles issues de l'étude de la structure 3D du génome, afin de mettre en évidence des variations entre conditions biologiques. Le projet génère des rapports détaillés, des visualisations graphiques et des fichiers de sortie exploitables pour des analyses approfondies.